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Publicraw reproducible

Dryad tree tissue nonstructural carbohydrates NIR

dryad · NIR

Dryad tree tissue nonstructural carbohydrates NIR. v2.0 standardized NIRS package: 1 spectral source(s), 4 declared target(s). Auto-generated from dataset_card.json (verify before publication).

nirv2dryad
1,270
samples
1,154
wavelengths
1
sources
4
targets
12
metadata
NIR
family

Dataset property explorer

Mean profile risk0.61
Highest axisArtefacts locaux · 1.00
Diagnostics8
Sources profiled1
Dryad tree tissue nonstructural carbohydrates NIR property profile0.250.50.751integritynoiseartefactsbaselinePCA outliersreferencerepeatabilitystructureDryad tree tissue nonstructural carbohydrates NIR profileintegrity: 0.00noise: 0.00artefacts: 1.00baseline: 1.00PCA outliers: 0.96reference: 0.91repeatability: 0.00structure: 1.00Dryad tree tiss…0 center · 1 outer ring · outward = stronger anomaly / heterogeneity signal

Profile axes

Intégrité0.00
Artefacts locaux1.00
Bruit0.00
Outliers PCA0.96
Distance à la référence0.91
Répétabilité0.00
Baseline / forme1.00
Structure multi-régimes1.00
Diagnostic hypotheses00.250.50.751hypothesis scoreSplice / raccord détecteursSplice / raccord détecteurs: 0.900.90Erreur calibration / référenc…Erreur calibration / référence blanche: 0.830.83Fond différentFond différent: 0.790.79Signature VERA25-likeSignature VERA25-like: 0.750.75Erreur interpolation / réécha…Erreur interpolation / rééchantillonnage: 0.740.74Spectre hors domaine valideSpectre hors domaine valide: 0.700.70Différence de sonde / géométr…Différence de sonde / géométrie: 0.680.68Dataset multi-régimesDataset multi-régimes: 0.670.67
DiagnosticScoreForceSignauxInterprétation probable
Splice / raccord détecteursX0.90forteSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, SNR non dégradé 1.00Rupture aux jonctions de détecteurs, calibration locale ou sonde différente.
Erreur calibration / référence blancheX0.83forteBaseline/mean/area 1.00, artefacts locaux 1.00, Mahalanobis / T2 0.96Décalage systématique entre campagnes, instruments ou référence blanche.
Fond différentX0.79forteBaseline/mean/area 1.00, Mahalanobis / T2 0.96, RMS/SAM référence 0.91Effet systématique du support, blanc/noir, transflectance ou environnement de mesure.
Signature VERA25-likeX0.75forteSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, Mahalanobis / T2 0.96Combinaison possible changement de sonde + splice, amplifiée par géométrie, fond ou calibration.
Erreur interpolation / rééchantillonnageX0.74forteSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, SNR normal/élevé 1.00Artefacts numériques ou traitement spectral incorrect.
Spectre hors domaine valideX0.70moyenneStructure PCA 1.00, Mahalanobis / T2 0.96, RMS/SAM référence 0.91Variété, espèce, lot ou condition différente mais physiquement plausible.
Différence de sonde / géométrieX0.68moyenneBaseline/mean/area 1.00, Mahalanobis / T2 0.96, RMS/SAM référence 0.91Modification de l'illumination, collecte, angle ou distance sonde-échantillon.
Dataset multi-régimesX0.67moyenneStructure PCA 1.00, Mahalanobis / T2 0.96, RMS/SAM référence 0.91Mélange de campagnes, opérateurs, lots, setups ou sous-populations spectrales.

Spectral sources

Dryad tree tissue nonstructural carbohydrates NIR

X · NIR

Sampling

Wavelengths1,154
Axis range1–1,154 index
Mean spacing1 index
Griduniform
Observations1,270

Signal & quality

Value range0.0451 – 2.53
Mean range0.108 – 1.94
Mean level0.2283
Area262.3
PTP1.829
Noise RMS5.2054e-05
SNR4.4e+03
SNR dB7e+01 dB
Dynamic range1.83
Smoothness0.003494
Saturated0.0%
X-outliers575

Integrity & artefacts

NaN ratio0.00%
Inf count0
Zero ratio0.00%
Spike count77,692
Spike rate5.31%
Jump count131,952
Jump rate9.01%
Clip fraction0.00%

Shape & reference

Baseline slope0.3228
Curvature RMS0.0034848
D1 RMS0.011775
RMS to mean0.042174
RMS p950.16173
SAM to mean0.11884
SAM p950.31676
Affine offset p950.15496
Affine gain p95 Δ0.17158
Affine residual p950.072978
Xcorr lag p950

Outliers & repeatability

PCA Q p95/median7
Hotelling T2 p95/median7.6
Mahalanobis H p95/median2.8
Repeat groups0
Computed metric scores 29worst 1.00
FamilleMétrique calculéeValeurScoreNiveauInterprétation datasetCauses typiquesCalcul / scoring
Intégrité des donnéesNaN ratiointegrity.nan_ratio0%0.00faibleSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countintegrity.inf_count00.00faibleNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratiointegrity.zero_ratio0%0.00faibleNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceamplitude.mean_reflectance0.228261.00fortValeur atypique: Trop clair / fond visible ou Trop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveamplitude.area_under_curve262.321.00fortValeur atypique: Différence d'éclairement ou NormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)amplitude.peak_to_peak1.82890.00faibleVariabilité forteSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceamplitude.variance0.0391360.00faibleNormal ou hétérogèneMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSnoise.noise_rms5.2054e-050.00faibleStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRnoise.snr4384.90.00faibleBon signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRnoise.bandwise_snr_min347.750.00faibleZone fiableDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countartefacts.spike_count77,6921.00fortArtefactsCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateartefacts.spike_rate5.31%1.00fortSpectre suspectInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countartefacts.jump_count131,9521.00fortRaccord détecteurSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateartefacts.jump_rate9.01%1.00fortProblème spectralCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionartefacts.clip_fraction0.000136%0.00faibleNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopeshape.baseline_slope0.32280.35faibleStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSshape.curvature_rms0.00348480.19faibleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSshape.d1_rms0.0117750.13faiblePlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)outliers.pca_q_ratio6.98740.87fortSpectre atypiqueArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²outliers.hotelling_t2_ratio7.64890.96fortExtrême mais cohérentVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis Houtliers.mahalanobis_h_ratio2.76570.69moyenOutlier globalDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumreference.rms_to_mean_spectrum_p950.161730.35faibleTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)reference.sam_to_mean_spectrum_p950.316760.91fortForme différenteFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDrepeatability.rms_intra_id—0.00faibleStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDrepeatability.sam_intra_id—0.00faibleStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDrepeatability.cv_intra_id—0.00faibleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densitystructure.pca_score_density7.87871.00fortSous-populationsLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)structure.local_outlier_factor_p954.88191.00fortSpectre isoléCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scorestructure.isolation_forest_score_p950.597291.00fortSpectre atypiqueDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
X-Y spectral correlation 4
X · TG*10 spectral correlation-1-0.500.51absolute correlation envelopesigned correlationabsolute correlation05001,0001,500|r|signed raxis · Pearson correlation scale
X · Sugars spectral correlation-1-0.500.51absolute correlation envelopesigned correlationabsolute correlation05001,0001,500|r|signed raxis · Pearson correlation scale
X · Starch spectral correlation-1-0.500.51absolute correlation envelopesigned correlationabsolute correlation05001,0001,500|r|signed raxis · Pearson correlation scale
Targetmax |r|axis @ maxmean |r||r| ≥ .5
TG*100.46410.2920.0%
Sugars0.2121,0990.06310.0%
Starch0.2089720.1420.0%
NSC0.2171,0480.1040.0%

Metric interpretation reference

Metric catalog 29
FamilleMétriqueCe qu’elle détecteForte valeur =Faible valeur =Causes typiquesCalcul / score
Intégrité des donnéesNaN ratioDonnées manquantesSpectre corrompuSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countValeurs infiniesCorruptionNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratioColonnes ou cellules nullesSpectre tronquéNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceNiveau moyenTrop clair / fond visibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveIntensité globaleDifférence d'éclairementNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)DynamiqueVariabilité forteSpectre platSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceVariabilité spectraleNormal ou hétérogèneSpectre platMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSBruit haute fréquenceBruitéStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRQualité signalBon signalMauvais signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRBruit localiséZone fiableZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countPics étroitsArtefactsSpectre propreCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateDensité de picsSpectre suspectNormalInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countDiscontinuitésRaccord détecteurContinuSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateFréquence de sautsProblème spectralNormalCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionSaturationClippingNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopePente globaleDériveStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSCourbureForme inhabituelleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSVariabilité localeSpectre structuréPlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)Non expliqué par PCASpectre atypiqueConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²Extrême dans PCAExtrême mais cohérentCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis HDistance au nuageOutlier globalPopulation normaleDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumDistance moyenneSpectre différentTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)Différence de formeForme différenteSimilaireFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDReproductibilitéMauvaise répétabilitéStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDVariation de formeInstableStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDVariabilité interneMauvais contrôleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densityClustersSous-populationsHomogèneLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)Anomalie localeSpectre isoléPopulation normaleCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scoreAnomalie globaleSpectre atypiqueNormalDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
Technology-specific extensions
TechnologieAdaptations / métriquesAnomalies cibléesCommentaire pratique
UV-Vis 300-1000 nmBaseline, pente globale, dérive aux bords 300-350 et 900-1000; métriques par zonesLumière parasite, mauvais blanc, saturation, faible signal aux extrémitésLes bords sont souvent instables; calculer aussi des scores edge/middle.
UV-Vis 300-1000 nmSaturation / clipping proche absorbance max ou réflectance maxSignal écrêtéTrès important si absorption forte.
UV-Vis 300-1000 nmRed-edge, position de maximum, ratios de bandes si végétalDécalage biologique ou artefact optiqueAide à distinguer changement réel et problème d'acquisition.
UV-Vis 300-1000 nmSmoothness / roughness indexBruit haute fréquenceSouvent plus informatif que le SNR seul.
MIR / ATR-FTIRATR contact quality index: intensité globale, aire totale, profondeur des bandes clésMauvais contact cristal-échantillonCrucial: beaucoup d'anomalies viennent du contact ATR.
MIR / ATR-FTIRCO2 / H2O atmospheric bandsMauvaise correction atmosphériquePics parasites fréquents.
MIR / ATR-FTIRBaseline curvature / rubber-band residualDiffusion, contact, dérive baselineTrès utile avant PCA.
MIR / ATR-FTIRPeak position shiftMauvais alignement spectral / calibrationImportant en FTIR car de petits shifts comptent.
MIR / ATR-FTIRBand area ratios sur bandes connuesSpectre chimiquement incohérentÀ adapter par matrice: polysaccharides, protéines, lipides, etc.
HS-MSTotal Ion Current (TIC), Base Peak Intensity (BPI)Injection faible, ionisation instableÉquivalent MS du niveau global spectral.
HS-MSNombre de pics détectésSpectre pauvre ou trop bruitéTrop peu = mauvais signal; trop = bruit/contamination.
HS-MSMass accuracy / m/z driftProblème calibration masseFondamental en HRMS.
HS-MSRetention time drift si LC/GC-MSDérive chromatographiqueÀ suivre sur standards/QC pools.
HS-MSBlank contamination scoreContaminants / carry-overComparer échantillons vs blancs.
HS-MSInternal standard CVVariabilité instrumentaleTrès robuste si standards disponibles.
HS-MSMissingness par featureInstabilité de détectionCrucial pour filtrer les variables.
Avec répétitionsRMS intra-échantillonRépétabilité globaleApplicable à toutes les technologies.
Avec répétitionsSAM / corrélation intra-échantillonRépétabilité de formeTrès utile pour spectres.
Avec répétitionsCV intra-échantillon par bande / featureRépétabilité localeDétecte les zones instables.
Avec répétitionsICC ou variance componentsPart variance échantillon vs techniqueTrès utile si plusieurs répétitions par sample.
Avec répétitionsDistance au centroïde intra-IDRépétition aberrantePermet de flagger la mauvaise répétition plutôt que le sample entier.
Bug-hunting / supervised audits
Famille de bug potentielMéthodes à ajouterCe que ça détecteÉtat dans l’explorateur
Shift spectral globalCorrélation spectre moyen inter-dataset, DTW, cross-correlation, comparaison positions de picsDécalage en longueur d'onde, mauvais alignement, interpolation différentePartiellement calculé: cross-correlation lag et dispersion des positions de pics vs spectre moyen.
Baseline / offset / gainRégression chaque spectre vs spectre moyen: x = a + b ref + residual; suivi de a, b, RMS résiduelOffset additif, effet multiplicatif, dérive de baselineCalculé dans reference.affine_*.
Mélange de lignes / mauvais appariement X-M-YVérification index, hash des lignes, duplication ID, distance spectrale intra-ID, labels incohérentsLignes mélangées, metadata mal alignées, Y attribué au mauvais spectrePartiellement couvert par répétabilité intra-ID; checks index/hash à ajouter au pipeline canonical.
Fuite d'information / répétitions mal splitéesGroupKFold par sample_id vs StratifiedKFold random; audit des partitions par sample_idPerformance artificiellement bonne due aux répétitionsNécessite splits et benchmark modèle; non calculé par la carte descriptive.
Label bugsÉchantillons proches en X mais Y différents, confident learning, erreurs systématiques FP/FNY inversés, erreurs de saisie, classes ambiguësNécessite Y et/ou modèle; recommandé pour l'explorateur supervisé.
Sous-domaines cachésPCA/UMAP/t-SNE + clustering non supervisé + association avec dataset/Y/date/operatorLots, campagnes, sondes, backgrounds non renseignésPartiellement calculé par structure PCA/LOF; UMAP/t-SNE hors carte statique.
Artefacts localisés inconnusCarte wavelength x dataset: différence moyenne, différence variance, KS par longueur d'ondeRégions spectrales anormales non anticipéesÀ calculer au niveau banque quand plusieurs datasets partagent un axe spectral.
Ruptures instrumentalesDiscontinuités dans dérivées, changepoint detectionSplice, raccord détecteur, saut local non prévuCalculé par jump/spike rates; changepoint plus avancé à ajouter.
Mélange / contamination spectraleNMF / unmixing / reconstruction par convex hullComposante externe: fond, plastique, solNon calculé automatiquement; nécessite hypothèses de composants ou grande bibliothèque.
Features instables mais prédictivesImportance modèle vs instabilité QC par variableModèle qui apprend un artefact plutôt qu'un signal biologiqueNécessite modèle supervisé; recommandé pour rapports de benchmark.

Variables

Targets 4

TG*10

target · numeric
TG*10 distributionq1 90.7 – q3 128.9median 113.5mean 11280100120140160
n / missing1,270 / 1,090
Mean ± SD112 ± 20.6
Median113.5
Range80.9 – 148.9
CV0.184
Skew / kurtosis0.011 / -1.3
Normal?no

Sugars

target · numeric
Sugars distributionq1 0.9157 – q3 3.075median 1.66mean 2.345051015
n / missing1,270 / 1,090
Mean ± SD2.345 ± 2.1
Median1.66
Range0 – 10.13
CV0.897
Skew / kurtosis1.6 / 2.5
Normal?no

Starch

target · numeric
Starch distributionq1 1.206 – q3 5.546median 2.722mean 3.78405101520
n / missing1,270 / 1,090
Mean ± SD3.784 ± 3.45
Median2.722
Range0 – 17.87
CV0.911
Skew / kurtosis1.4 / 1.8
Normal?no

NSC

target · numeric
NSC distributionq1 3.178 – q3 8.287median 5.079mean 6.1250510152025
n / missing1,270 / 1,090
Mean ± SD6.125 ± 4.19
Median5.079
Range0.1682 – 20.09
CV0.684
Skew / kurtosis1.1 / 0.76
Normal?no

Metadata 8

analysis_date

metadata · categorical
analysis_date classesjanuary 31 2014january 31 2014: 128128january 20 2014january 20 2014: 124124February 01 2014February 01 2014: 120120january 30 2014january 30 2014: 117117january 15 2014january 15 2014: 117117january 17 2014january 17 2014: 9797january 19 2014january 19 2014: 9797january 16 2014january 16 2014: 8585january 21 2014january 21 2014: 7171january 22 2014january 22 2014: 6565+5 more+5 more: 248248
n / missing1,270 / 1
Classes15
Balance (entropy)0.97
Imbalance ratio4
Top classjanuary 31 2014 (128)

tissue

metadata · categorical
tissue classesrootroot: 357357stemstem: 348348leavesleaves: 310310branchesbranches: 254254
n / missing1,270 / 1
Classes4
Balance (entropy)0.99
Imbalance ratio1
Top classroot (357)

site

metadata · categorical
site classesMont-Saint-Hilaire, QuebecMont-Saint-Hilaire, Quebec: 647647Granada, CundinamarcaGranada, Cundinamarca: 307307Rio Claro, AntioquiaRio Claro, Antioquia: 225225L'Assomption, QuebecL'Assomption, Quebec: 4646Chingaza, CundinamarcaChingaza, Cundinamarca: 4444
n / missing1,270 / 1
Classes5
Balance (entropy)0.76
Imbalance ratio1e+01
Top classMont-Saint-Hilaire, Quebec (647)

species

metadata · categorical
species classesBetula alleghaniensisBetula alleghaniensis: 6464Fraxinus americanaFraxinus americana: 5858Quercus rubraQuercus rubra: 5454Juglans cinereaJuglans cinerea: 4646Ostrya virginianaOstrya virginiana: 3939Populus tremuloidesPopulus tremuloides: 3838Prunus serotinaPrunus serotina: 3838Acer rubrumAcer rubrum: 3737Acer pensylvanicumAcer pensylvanicum: 3636Ulmus americanaUlmus americana: 3636+10 more+10 more: 267267
n / missing1,270 / 1
Classes85
Balance (entropy)0.93
Imbalance ratio32
Top classBetula alleghaniensis (64)

time

metadata · numeric
time distributionq1 0 – q3 2median 1mean 0.82280.00.51.01.52.0
n / missing1,270 / 17
Mean ± SD0.8228 ± 0.83
Median1
Range0 – 2
CV1.01
Skew / kurtosis0.34 / -1.5
Normal?no

nsc_probe

metadata · categorical
n / missing1,270 / 1,090
Classes180
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top class111_2 (1)

nsc_tissue

metadata · categorical
nsc_tissue classesleavesleaves: 6161stemstem: 4141rootroot: 4040branchbranch: 3838
n / missing1,270 / 1,090
Classes4
Balance (entropy)0.99
Imbalance ratio2
Top classleaves (61)

nsc_place

metadata · categorical
nsc_place classesTemperate forestTemperate forest: 6767Montane forestMontane forest: 5757Lowland forestLowland forest: 4747ParamoParamo: 99
n / missing1,270 / 1,090
Classes4
Balance (entropy)0.89
Imbalance ratio7
Top classTemperate forest (67)

Alignment

Alignment levelsample
Sample id availableyes
Samples1,270
Observations (total)1,270
Reps per samplemin 1 · mean 1 · max 1

Provenance & citation

ContributorDryad manual download
Origin · url [open]10.5061/dryad.jd2cb — Dryad
Origin · script [manual]source_to_standard.py — standardization script (maintainer-only)

Governance & integrity

Tierpublic
LicenseCC0-1.0
Permitted useResearch and benchmarking.
Access policyOpen per source license.
RedistributionManual download preserved as provenance; public reuse follows source Dryad dataset terms.
Content version1.1.0
Schema / protocol2.0
Content hash54ddbb4dce4278d4…
Processing hashac1cf76d147e111c…
Metadata hashc5d4daf34048b9ad…

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# pip install nirs4all-datasets
from nirs4all_datasets import get

ds = get("dryad_tree_tissue_nsc_nir_manual")            # DOI-pinned, checksum-verified, cached
X, y = ds.x(), ds.y()
print(X.shape, y.shape)
card.jsoncroissant.jsonIdentity metadata only — the dataset bytes live at the origin / DOI.