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Private

PNNL/NIST Quantitative Infrared Database private-use subset

pnnl · MIR

PNNL/NIST Quantitative Infrared Database private-use subset. v2.0 standardized NIRS package: 1 spectral source(s), 4 declared target(s). Auto-generated from dataset_card.json (verify before publication).

nirv2pnnl
🔒
Private dataset. Full metadata and metrics are shown, but the bytes are not redistributed here — exporting the data requires a Dataverse token. The identity card carries no spectra, only descriptive statistics.
20
samples
3,527
wavelengths
1
sources
4
targets
19
metadata
MIR
family

Dataset property explorer

Mean profile risk0.50
Highest axisArtefacts locaux · 1.00
Diagnostics8
Sources profiled1
PNNL/NIST Quantitative Infrared Database private-use subset property profile0.250.50.751integritynoiseartefactsbaselinePCA outliersreferencerepeatabilitystructurePNNL/NIST Quantitative Infrared Database private-use subset profileintegrity: 0.00noise: 0.01artefacts: 1.00baseline: 0.35PCA outliers: 0.67reference: 1.00repeatability: 0.00structure: 1.00PNNL/NIST Quant…0 center · 1 outer ring · outward = stronger anomaly / heterogeneity signal

Profile axes

Intégrité0.00
Artefacts locaux1.00
Bruit0.01
Outliers PCA0.67
Distance à la référence1.00
Répétabilité0.00
Baseline / forme0.35
Structure multi-régimes1.00
Diagnostic hypotheses00.250.50.751hypothesis scoreSplice / raccord détecteursSplice / raccord détecteurs: 0.800.80Spectre hors domaine valideSpectre hors domaine valide: 0.610.61Signature VERA25-likeSignature VERA25-like: 0.610.61Erreur interpolation / réécha…Erreur interpolation / rééchantillonnage: 0.590.59Dataset multi-régimesDataset multi-régimes: 0.570.57Erreur calibration / référenc…Erreur calibration / référence blanche: 0.520.52Différence de sonde / géométr…Différence de sonde / géométrie: 0.490.49Fond différentFond différent: 0.460.46
DiagnosticScoreForceSignauxInterprétation probable
Splice / raccord détecteursX0.80forteSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00Rupture aux jonctions de détecteurs, calibration locale ou sonde différente.
Spectre hors domaine valideX0.61moyenneRMS/SAM référence 1.00, Structure PCA 1.00, Mahalanobis / T2 0.67Variété, espèce, lot ou condition différente mais physiquement plausible.
Signature VERA25-likeX0.61moyenneSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00Combinaison possible changement de sonde + splice, amplifiée par géométrie, fond ou calibration.
Erreur interpolation / rééchantillonnageX0.59moyenneSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, Noise RMS faible 0.99Artefacts numériques ou traitement spectral incorrect.
Dataset multi-régimesX0.57moyenneStructure PCA 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Mahalanobis / T2 0.67Mélange de campagnes, opérateurs, lots, setups ou sous-populations spectrales.
Erreur calibration / référence blancheX0.52moyenneRMS/SAM référence 1.00, artefacts locaux 1.00, Mahalanobis / T2 0.67Décalage systématique entre campagnes, instruments ou référence blanche.
Différence de sonde / géométrieX0.49moyenneRMS/SAM référence 1.00, Mahalanobis / T2 0.67, PCA Q 0.41Modification de l'illumination, collecte, angle ou distance sonde-échantillon.
Fond différentX0.46moyenneRMS/SAM référence 1.00, Mahalanobis / T2 0.67, PCA Q 0.41Effet systématique du support, blanc/noir, transflectance ou environnement de mesure.

Spectral sources

PNNL/NIST Quant IR private-use subset

X · MIR · Bruker IFS66V where specified in JCAMP metadata
PNNL/NIST Quant IR private-use subset spectra-0.00050.00000.00050.00100.00150.002001,0002,0003,0004,000q05-q95 envelopeq25-q75 envelopemedian spectrummedianq25–q75q05–q95wavelength / none574.69none — median 3.958e-07 (q25–q75 1.1e-07–4.489e-06)598.8none — median 2.229e-06 (q25–q75 3.861e-09–4.581e-06)623.88none — median 8.748e-07 (q25–q75 2.561e-08–3.274e-06)647.99none — median 4.402e-07 (q25–q75 1.791e-08–4.153e-06)672.1none — median 6.236e-07 (q25–q75 7.992e-08–3.459e-06)697.18none — median 1.106e-06 (q25–q75 -1.864e-08–2.75e-06)721.29none — median 1.048e-06 (q25–q75 4.069e-07–5.178e-06)746.37none — median 1.558e-06 (q25–q75 7.464e-07–6.326e-06)770.48none — median 1.964e-06 (q25–q75 1.137e-06–5.802e-06)794.59none — median 2.729e-06 (q25–q75 3.974e-07–9.084e-06)819.67none — median 1.583e-06 (q25–q75 3.599e-07–1.193e-05)843.78none — median 7.637e-06 (q25–q75 7.245e-07–4.478e-05)867.89none — median 1.153e-05 (q25–q75 9.95e-07–3.73e-05)892.97none — median 6.266e-06 (q25–q75 2.592e-06–2.48e-05)917.09none — median 1.226e-05 (q25–q75 3.876e-06–1.923e-05)942.16none — median 2.714e-05 (q25–q75 4.022e-06–5.939e-05)966.27none — median 1.459e-05 (q25–q75 3.254e-06–8.588e-05)990.39none — median 1.49e-05 (q25–q75 3.425e-06–5.457e-05)1015.5none — median 2.376e-05 (q25–q75 4.887e-06–8.025e-05)1039.6none — median 2.057e-05 (q25–q75 3.282e-06–0.0001019)1063.7none — median 1.792e-05 (q25–q75 3.382e-06–0.0001578)1088.8none — median 1.28e-05 (q25–q75 6.702e-06–0.0001102)1112.9none — median 1.822e-05 (q25–q75 4.297e-06–5.658e-05)1137none — median 1.643e-05 (q25–q75 1.599e-06–2.531e-05)1162.1none — median 1.169e-05 (q25–q75 1.951e-06–5.122e-05)1186.2none — median 1.859e-05 (q25–q75 1.94e-06–6.089e-05)1211.3none — median 1.555e-05 (q25–q75 1.027e-06–0.0001897)1235.4none — median 1.399e-05 (q25–q75 1.731e-06–0.0001047)1259.5none — median 1.714e-05 (q25–q75 1.388e-06–9.674e-05)1284.6none — median 1.826e-05 (q25–q75 3.335e-06–3.198e-05)1308.7none — median 1.085e-05 (q25–q75 3.001e-06–2.138e-05)1332.8none — median 1.131e-05 (q25–q75 2.979e-06–3.168e-05)1357.9none — median 3.108e-05 (q25–q75 3.73e-06–0.0001158)1382none — median 8.146e-05 (q25–q75 1.116e-05–0.0001842)1406.1none — median 2.953e-05 (q25–q75 1.494e-05–6.334e-05)1431.2none — median 1.985e-05 (q25–q75 1.17e-05–4.296e-05)1455.3none — median 3.191e-05 (q25–q75 9.959e-06–5.632e-05)1480.4none — median 2.482e-05 (q25–q75 1.528e-05–5.178e-05)1504.5none — median 1.196e-05 (q25–q75 5.944e-06–1.707e-05)1528.6none — median 4.031e-06 (q25–q75 2.139e-06–1.379e-05)1553.7none — median 3.416e-06 (q25–q75 1.101e-06–7.526e-06)1577.8none — median 2.973e-06 (q25–q75 9.801e-07–8.402e-06)1601.9none — median 2.448e-06 (q25–q75 1.302e-06–7.193e-06)1627none — median 2.128e-06 (q25–q75 5.906e-07–5.752e-06)1651.1none — median 2.246e-06 (q25–q75 8.083e-07–4.6e-06)1676.1none — median 1.993e-06 (q25–q75 6.185e-07–5.532e-06)1700.3none — median 3.138e-06 (q25–q75 9.605e-07–8.696e-06)1724.4none — median 1.537e-06 (q25–q75 3.31e-07–7.156e-06)1749.4none — median 1.529e-06 (q25–q75 5.036e-07–2.119e-05)1773.6none — median 1.556e-06 (q25–q75 7.681e-07–1.599e-05)1797.7none — median 1.17e-06 (q25–q75 1.889e-07–8.628e-06)1822.8none — median 1.001e-06 (q25–q75 2.163e-07–6.235e-06)1846.9none — median 1.181e-06 (q25–q75 4.834e-07–3.65e-06)1871none — median 1.352e-06 (q25–q75 4.545e-07–2.95e-06)1896.1none — median 1.276e-06 (q25–q75 8.45e-07–3.076e-06)1920.2none — median 1.502e-06 (q25–q75 5.04e-07–5.993e-06)1945.2none — median 1.269e-06 (q25–q75 4.427e-07–3.685e-06)1969.4none — median 1.008e-06 (q25–q75 4.87e-07–3.293e-06)1993.5none — median 9.263e-07 (q25–q75 2.836e-07–1.472e-06)2018.5none — median 7.177e-07 (q25–q75 1.334e-07–2.667e-06)2042.7none — median 4.872e-07 (q25–q75 1.095e-07–2.66e-06)2066.8none — median 7.363e-07 (q25–q75 2.512e-07–2.412e-06)2091.8none — median 1.118e-06 (q25–q75 2.824e-07–2.004e-06)2116none — median 1.264e-06 (q25–q75 2.673e-07–2.705e-06)2140.1none — median 9.643e-07 (q25–q75 1.916e-07–1.8e-06)2165.1none — median 1.282e-06 (q25–q75 3.444e-07–2.82e-06)2189.3none — median 7.235e-07 (q25–q75 2.572e-07–1.712e-06)2214.3none — median 8.096e-07 (q25–q75 3.84e-07–1.421e-06)2238.4none — median 1.142e-06 (q25–q75 5.619e-07–2.051e-06)2262.6none — median 1.369e-06 (q25–q75 7.898e-07–2.135e-06)2287.6none — median 1.459e-06 (q25–q75 1.106e-06–2.261e-06)2311.8none — median 1.353e-06 (q25–q75 9.798e-07–2.418e-06)2335.9none — median 1.363e-06 (q25–q75 7.977e-07–2.009e-06)2360.9none — median 1.38e-06 (q25–q75 5.827e-07–2.09e-06)2385.1none — median 1.097e-06 (q25–q75 5.295e-07–1.711e-06)2410.1none — median 1.18e-06 (q25–q75 5.108e-07–1.761e-06)2434.2none — median 1.05e-06 (q25–q75 3.621e-07–1.578e-06)2458.4none — median 9.958e-07 (q25–q75 4.69e-07–1.381e-06)2483.4none — median 9.469e-07 (q25–q75 4.376e-07–1.616e-06)2507.5none — median 8.231e-07 (q25–q75 5.22e-07–1.244e-06)2531.7none — median 5.735e-07 (q25–q75 3.392e-07–9.054e-07)2556.7none — median 6.072e-07 (q25–q75 3.125e-07–1.293e-06)2580.8none — median 8.534e-07 (q25–q75 3.067e-07–1.788e-06)2605none — median 1.561e-06 (q25–q75 5.028e-07–2.112e-06)2630none — median 1.278e-06 (q25–q75 2.422e-07–2.38e-06)2654.1none — median 6.485e-07 (q25–q75 7.268e-08–2.419e-06)2679.2none — median 7.013e-07 (q25–q75 1.802e-07–2.483e-06)2703.3none — median 7.336e-07 (q25–q75 3.023e-07–2.93e-06)2727.5none — median 1.062e-06 (q25–q75 2.822e-07–3.77e-06)2752.5none — median 2.817e-06 (q25–q75 1.224e-07–6.037e-06)2776.6none — median 2.098e-06 (q25–q75 2.355e-07–6.947e-06)2800.8none — median 3.064e-06 (q25–q75 1.284e-07–1.257e-05)2825.8none — median 4.33e-06 (q25–q75 3.505e-07–1.971e-05)2849.9none — median 9.092e-06 (q25–q75 1.89e-06–3.795e-05)2874.1none — median 1.667e-05 (q25–q75 2.366e-06–8.502e-05)2899.1none — median 4.021e-05 (q25–q75 2.474e-06–0.0001123)2923.2none — median 5.802e-05 (q25–q75 2.36e-06–0.0001264)2948.3none — median 9.382e-05 (q25–q75 1.323e-05–0.0001421)2972.4none — median 0.0001001 (q25–q75 3.085e-05–0.000176)2996.5none — median 8.143e-05 (q25–q75 2.761e-05–0.0002205)3021.6none — median 4.311e-05 (q25–q75 1.19e-05–5.69e-05)3045.7none — median 1.984e-05 (q25–q75 7.557e-06–3.217e-05)3069.8none — median 1.248e-05 (q25–q75 1.973e-06–2.261e-05)3094.9none — median 6.831e-06 (q25–q75 1.863e-06–2.153e-05)3119none — median 4.348e-06 (q25–q75 2.143e-06–1.986e-05)3144.1none — median 2.966e-06 (q25–q75 1.773e-06–4.814e-06)3168.2none — median 2.143e-06 (q25–q75 9.228e-07–3.373e-06)3192.3none — median 2.135e-06 (q25–q75 8.82e-07–4.269e-06)3217.4none — median 8.704e-07 (q25–q75 3.97e-07–2.797e-06)3241.5none — median 6.484e-07 (q25–q75 6.903e-08–1.445e-06)3265.6none — median 2.202e-07 (q25–q75 4.697e-08–6.726e-07)3290.7none — median 1.994e-07 (q25–q75 6.131e-09–4.767e-07)3314.8none — median 2.757e-07 (q25–q75 -1.278e-07–5.622e-07)3338.9none — median 3.588e-07 (q25–q75 -4.962e-08–1.065e-06)3364none — median 3.205e-07 (q25–q75 2.159e-08–1.042e-06)3388.1none — median 6.218e-07 (q25–q75 -5.975e-08–8.951e-07)3413.2none — median 4.596e-07 (q25–q75 -5.973e-09–1e-06)3437.3none — median 5.026e-07 (q25–q75 8.911e-08–1.763e-06)3461.4none — median 4.932e-07 (q25–q75 8e-08–1.643e-06)3486.5none — median 6.825e-07 (q25–q75 3.012e-08–1.649e-06)3510.6none — median 2.749e-07 (q25–q75 1.095e-07–8.489e-07)3534.7none — median 1.674e-07 (q25–q75 4.952e-10–5.567e-07)3559.8none — median 1.17e-07 (q25–q75 -8.997e-08–6.636e-07)3583.9none — median 1.87e-07 (q25–q75 7.858e-09–6.183e-07)3608none — median 2.483e-07 (q25–q75 8.889e-08–6.08e-07)3633.1none — median 2.084e-07 (q25–q75 -3.194e-08–5.447e-07)3657.2none — median 9.131e-07 (q25–q75 1.661e-07–1.439e-06)3682.3none — median 2.446e-07 (q25–q75 -1.295e-07–6.617e-07)3706.4none — median 2.743e-07 (q25–q75 -1.076e-07–9.083e-07)3730.5none — median 2.842e-07 (q25–q75 -6.805e-08–1.266e-06)3755.6none — median 3.287e-07 (q25–q75 4.967e-08–1.108e-06)3779.7none — median 4.957e-07 (q25–q75 8.069e-08–9.319e-07)3803.8none — median 4.696e-07 (q25–q75 -6.676e-08–1.553e-06)3828.9none — median 5.984e-07 (q25–q75 8.616e-08–1.717e-06)3853none — median 2.275e-06 (q25–q75 4.173e-07–2.719e-06)3878.1none — median 5.055e-07 (q25–q75 2.256e-07–1.523e-06)3902.2none — median 9.173e-07 (q25–q75 2.694e-07–2.152e-06)3926.3none — median 7.687e-07 (q25–q75 1.945e-07–1.507e-06)3951.4none — median 7.73e-07 (q25–q75 1.649e-07–1.154e-06)3975.5none — median 8.938e-07 (q25–q75 6.102e-07–1.347e-06)

Sampling

Wavelengths3,527
Axis range574.7–3976 none
Mean spacing0.965 none
Griduniform
Observations20

Signal & quality

Value range-0.000203 – 0.00281
Mean range1.55e-07 – 0.000238
Mean level2.349e-05
Area0.0799
PTP0.0002382
Noise RMS1.3715e-07
SNR1.7e+02
SNR dB4e+01 dB
Dynamic range0.000238
Smoothness1.326e-05
Saturated0.0%
X-outliers6

Integrity & artefacts

NaN ratio0.00%
Inf count0
Zero ratio0.00%
Spike count5,726
Spike rate8.12%
Jump count8,438
Jump rate11.97%
Clip fraction0.00%

Shape & reference

Baseline slope-4.1446e-05
Curvature RMS7.3765e-06
D1 RMS8.5248e-06
RMS to mean5.1183e-05
RMS p950.00017566
SAM to mean0.95563
SAM p951.33
Affine offset p951.5972e-05
Affine gain p95 Δ1.9818
Affine residual p950.0001582
Xcorr lag p9550

Outliers & repeatability

PCA Q p95/median3.3
Hotelling T2 p95/median5.4
Mahalanobis H p95/median2.3
Repeat groups0

Dimensionality (PCA)

Effective rank5.7
PCs → 95% var7
PCs → 99% var13
Top-10 cum. var97.6%
Computed metric scores 29worst 1.00
FamilleMétrique calculéeValeurScoreNiveauInterprétation datasetCauses typiquesCalcul / scoring
Intégrité des donnéesNaN ratiointegrity.nan_ratio0%0.00faibleSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countintegrity.inf_count00.00faibleNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratiointegrity.zero_ratio0%0.00faibleNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceamplitude.mean_reflectance2.3489e-050.35faibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveamplitude.area_under_curve0.0799010.35faibleNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)amplitude.peak_to_peak0.000238240.00faibleVariabilité forteSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceamplitude.variance1.0189e-080.00faibleNormal ou hétérogèneMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSnoise.noise_rms1.3715e-070.01faibleStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRnoise.snr171.940.00faibleBon signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRnoise.bandwise_snr_min0.40311.00fortZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countartefacts.spike_count5,7261.00fortArtefactsCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateartefacts.spike_rate8.12%1.00fortSpectre suspectInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countartefacts.jump_count8,4381.00fortRaccord détecteurSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateartefacts.jump_rate12%1.00fortProblème spectralCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionartefacts.clip_fraction0.00284%0.00faibleNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopeshape.baseline_slope-4.1446e-050.35faibleStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSshape.curvature_rms7.3765e-061.00fortForme inhabituelleFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSshape.d1_rms8.5248e-060.72moyenSpectre structuréBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)outliers.pca_q_ratio3.2890.41faibleConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²outliers.hotelling_t2_ratio5.38110.67moyenExtrême mais cohérentVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis Houtliers.mahalanobis_h_ratio2.32840.58moyenOutlier globalDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumreference.rms_to_mean_spectrum_p950.000175661.00fortSpectre différentDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)reference.sam_to_mean_spectrum_p951.331.00fortForme différenteFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDrepeatability.rms_intra_id0.00faibleStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDrepeatability.sam_intra_id0.00faibleStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDrepeatability.cv_intra_id0.00faibleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densitystructure.pca_score_density454.891.00fortSous-populationsLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)structure.local_outlier_factor_p955.1821.00fortSpectre isoléCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scorestructure.isolation_forest_score_p950.590561.00fortSpectre atypiqueDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
X PCA score plot-0.0050.0000.0050.0100.015-0.010-0.0050.0000.005PC1 -0.001792 · PC2 0.001203PC1 0.0001564 · PC2 -0.0002302PC1 -0.001275 · PC2 0.0003167PC1 -0.001584 · PC2 0.0006948PC1 -0.00111 · PC2 0.0001735PC1 0.006125 · PC2 -0.001775PC1 -0.001445 · PC2 -3.204e-05PC1 -0.001819 · PC2 0.001103PC1 -0.001831 · PC2 0.001207PC1 -0.00173 · PC2 0.001134PC1 -0.001731 · PC2 0.0007678PC1 -0.001026 · PC2 -0.0007909PC1 0.0001879 · PC2 -0.002123PC1 -0.001739 · PC2 0.001192PC1 -0.001798 · PC2 0.001218PC1 0.0132 · PC2 0.003916PC1 -0.001835 · PC2 0.001102PC1 0.002352 · PC2 -0.009172PC1 0.0001611 · PC2 -0.001162PC1 -0.001471 · PC2 0.00126PC1 (42.0%)PC2 (20.1%)20 scores
PCA explained variance0%25%50%75%100%PC1: 42.0% (cumulative 42.0%)1PC2: 20.1% (cumulative 62.2%)2PC3: 13.5% (cumulative 75.6%)3PC4: 12.1% (cumulative 87.7%)4PC5: 3.7% (cumulative 91.4%)5PC6: 2.0% (cumulative 93.4%)6PC7: 1.8% (cumulative 95.2%)7PC8: 0.9% (cumulative 96.1%)8PC9: 0.8% (cumulative 96.9%)9PC10: 0.7% (cumulative 97.6%)10cumulative explained variancePC variancecumulativeprincipal component · cumulative (dashed)

Metric interpretation reference

Metric catalog 29
FamilleMétriqueCe qu’elle détecteForte valeur =Faible valeur =Causes typiquesCalcul / score
Intégrité des donnéesNaN ratioDonnées manquantesSpectre corrompuSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countValeurs infiniesCorruptionNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratioColonnes ou cellules nullesSpectre tronquéNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceNiveau moyenTrop clair / fond visibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveIntensité globaleDifférence d'éclairementNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)DynamiqueVariabilité forteSpectre platSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceVariabilité spectraleNormal ou hétérogèneSpectre platMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSBruit haute fréquenceBruitéStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRQualité signalBon signalMauvais signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRBruit localiséZone fiableZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countPics étroitsArtefactsSpectre propreCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateDensité de picsSpectre suspectNormalInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countDiscontinuitésRaccord détecteurContinuSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateFréquence de sautsProblème spectralNormalCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionSaturationClippingNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopePente globaleDériveStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSCourbureForme inhabituelleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSVariabilité localeSpectre structuréPlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)Non expliqué par PCASpectre atypiqueConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²Extrême dans PCAExtrême mais cohérentCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis HDistance au nuageOutlier globalPopulation normaleDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumDistance moyenneSpectre différentTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)Différence de formeForme différenteSimilaireFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDReproductibilitéMauvaise répétabilitéStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDVariation de formeInstableStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDVariabilité interneMauvais contrôleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densityClustersSous-populationsHomogèneLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)Anomalie localeSpectre isoléPopulation normaleCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scoreAnomalie globaleSpectre atypiqueNormalDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
Technology-specific extensions
TechnologieAdaptations / métriquesAnomalies cibléesCommentaire pratique
UV-Vis 300-1000 nmBaseline, pente globale, dérive aux bords 300-350 et 900-1000; métriques par zonesLumière parasite, mauvais blanc, saturation, faible signal aux extrémitésLes bords sont souvent instables; calculer aussi des scores edge/middle.
UV-Vis 300-1000 nmSaturation / clipping proche absorbance max ou réflectance maxSignal écrêtéTrès important si absorption forte.
UV-Vis 300-1000 nmRed-edge, position de maximum, ratios de bandes si végétalDécalage biologique ou artefact optiqueAide à distinguer changement réel et problème d'acquisition.
UV-Vis 300-1000 nmSmoothness / roughness indexBruit haute fréquenceSouvent plus informatif que le SNR seul.
MIR / ATR-FTIRATR contact quality index: intensité globale, aire totale, profondeur des bandes clésMauvais contact cristal-échantillonCrucial: beaucoup d'anomalies viennent du contact ATR.
MIR / ATR-FTIRCO2 / H2O atmospheric bandsMauvaise correction atmosphériquePics parasites fréquents.
MIR / ATR-FTIRBaseline curvature / rubber-band residualDiffusion, contact, dérive baselineTrès utile avant PCA.
MIR / ATR-FTIRPeak position shiftMauvais alignement spectral / calibrationImportant en FTIR car de petits shifts comptent.
MIR / ATR-FTIRBand area ratios sur bandes connuesSpectre chimiquement incohérentÀ adapter par matrice: polysaccharides, protéines, lipides, etc.
HS-MSTotal Ion Current (TIC), Base Peak Intensity (BPI)Injection faible, ionisation instableÉquivalent MS du niveau global spectral.
HS-MSNombre de pics détectésSpectre pauvre ou trop bruitéTrop peu = mauvais signal; trop = bruit/contamination.
HS-MSMass accuracy / m/z driftProblème calibration masseFondamental en HRMS.
HS-MSRetention time drift si LC/GC-MSDérive chromatographiqueÀ suivre sur standards/QC pools.
HS-MSBlank contamination scoreContaminants / carry-overComparer échantillons vs blancs.
HS-MSInternal standard CVVariabilité instrumentaleTrès robuste si standards disponibles.
HS-MSMissingness par featureInstabilité de détectionCrucial pour filtrer les variables.
Avec répétitionsRMS intra-échantillonRépétabilité globaleApplicable à toutes les technologies.
Avec répétitionsSAM / corrélation intra-échantillonRépétabilité de formeTrès utile pour spectres.
Avec répétitionsCV intra-échantillon par bande / featureRépétabilité localeDétecte les zones instables.
Avec répétitionsICC ou variance componentsPart variance échantillon vs techniqueTrès utile si plusieurs répétitions par sample.
Avec répétitionsDistance au centroïde intra-IDRépétition aberrantePermet de flagger la mauvaise répétition plutôt que le sample entier.
Bug-hunting / supervised audits
Famille de bug potentielMéthodes à ajouterCe que ça détecteÉtat dans l’explorateur
Shift spectral globalCorrélation spectre moyen inter-dataset, DTW, cross-correlation, comparaison positions de picsDécalage en longueur d'onde, mauvais alignement, interpolation différentePartiellement calculé: cross-correlation lag et dispersion des positions de pics vs spectre moyen.
Baseline / offset / gainRégression chaque spectre vs spectre moyen: x = a + b ref + residual; suivi de a, b, RMS résiduelOffset additif, effet multiplicatif, dérive de baselineCalculé dans reference.affine_*.
Mélange de lignes / mauvais appariement X-M-YVérification index, hash des lignes, duplication ID, distance spectrale intra-ID, labels incohérentsLignes mélangées, metadata mal alignées, Y attribué au mauvais spectrePartiellement couvert par répétabilité intra-ID; checks index/hash à ajouter au pipeline canonical.
Fuite d'information / répétitions mal splitéesGroupKFold par sample_id vs StratifiedKFold random; audit des partitions par sample_idPerformance artificiellement bonne due aux répétitionsNécessite splits et benchmark modèle; non calculé par la carte descriptive.
Label bugsÉchantillons proches en X mais Y différents, confident learning, erreurs systématiques FP/FNY inversés, erreurs de saisie, classes ambiguësNécessite Y et/ou modèle; recommandé pour l'explorateur supervisé.
Sous-domaines cachésPCA/UMAP/t-SNE + clustering non supervisé + association avec dataset/Y/date/operatorLots, campagnes, sondes, backgrounds non renseignésPartiellement calculé par structure PCA/LOF; UMAP/t-SNE hors carte statique.
Artefacts localisés inconnusCarte wavelength x dataset: différence moyenne, différence variance, KS par longueur d'ondeRégions spectrales anormales non anticipéesÀ calculer au niveau banque quand plusieurs datasets partagent un axe spectral.
Ruptures instrumentalesDiscontinuités dans dérivées, changepoint detectionSplice, raccord détecteur, saut local non prévuCalculé par jump/spike rates; changepoint plus avancé à ajouter.
Mélange / contamination spectraleNMF / unmixing / reconstruction par convex hullComposante externe: fond, plastique, solNon calculé automatiquement; nécessite hypothèses de composants ou grande bibliothèque.
Features instables mais prédictivesImportance modèle vs instabilité QC par variableModèle qui apprend un artefact plutôt qu'un signal biologiqueNécessite modèle supervisé; recommandé pour rapports de benchmark.

Variables

Targets 4

compound_name

target · categorical
n / missing20 / 0
Classes20
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classEthylene (1)

cas_number

target · categorical
n / missing20 / 0
Classes20
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top class74-85-1 (1)

formula

target · categorical
n / missing20 / 0
Classes20
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classC H2: C H2 (1)

class_label

target · categorical
n / missing20 / 0
Classes20
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classEthylene (1)

Metadata 1

acquisition_conditions

metadata · categorical
n / missing20 / 0
Classes20
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classKBr Beam splitter, MCT Detector, Multipass cell | 1 L/min Flow | Boxcar Apodization | 2.1 % relative (B=1.1E-04,C=8.5E-10,D=2.7E-14) (1)
Constant metadata 17
  • spectroscopy_typeIR
  • axis_unitcm-1
  • axis_min574.7
  • axis_max3976
  • n_points_original3,527
  • signal_type(micromol/mol)-1m-1 (base 10)
  • chemical_familyvolatile_organic_compound_inferred
  • phasegas
  • pressure101.3 kPa
  • temperature23 C
  • resolution1.929
  • instrumentIFS66V (Bruker)
  • data_sourceQUANT-IR
  • citationP.M. Chu, F.R. Guenther, G.C. Rhoderick, and W.J. Lafferty, The NIST Quantitative Infrared Database, J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol. 104, 59 (1999), DOI 10.6028/jres.104.004.
  • rights_statusmanual_review_needed
  • usage_scopeprivate_use_only
  • notesprivate_use_only, public redistribution not cleared, selected common-axis Quant IR subset, no interpolation

1 variable(s) omitted (no recorded values).

Alignment

Alignment levelobservation
Sample id availableno
Samples20
Observations (total)20
Reps per samplemin 1 · mean 1 · max 1

Provenance & citation

ContributorNIST Chemistry WebBook Quantitative Infrared Database
Origin · url [open]https://webbook.nist.gov/chemistry/quant-ir/
Origin · url [open]https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?JCAMP=C74851&Index=1&Type=IR
Origin · script [manual]source_to_standard.py — standardization script (maintainer-only)

Governance & integrity

Tierprivate
LicenseLicenseRef-not-cleared
Permitted useResearch and benchmarking; private use only.
Access policyManual download / private-use-only per source.
RedistributionNIST/SRD rights are not cleared for redistribution of derived X/Y/M exports. Conversion is private/internal only.
Content version1.0.0
Schema / protocol2.0
Content hash252c9b3ddc5445e2…
Processing hash4f6e427a4952beff…
Metadata hash09cefe8a298a653a…

Load this dataset

# pip install nirs4all-datasets
from nirs4all_datasets import get

# private dataset — export requires a Dataverse token
ds = get("pnnl_quant_ir", token="…")
X, y = ds.x(), ds.y()
print(X.shape, y.shape)

Metadata downloads are available for public datasets only. The dataset bytes are never served here — fetch them from the origin / DOI above.