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Publicraw reproducible

ROD Raman native-axis 1925-point mineral subset 13194863

rod · Raman

ROD Raman native-axis 1925-point mineral subset 13194863. v2.0 standardized NIRS package: 1 spectral source(s), 4 declared target(s). Auto-generated from dataset_card.json (verify before publication).

nirv2rod
17
samples
1,925
wavelengths
1
sources
4
targets
21
metadata
Raman
family

Dataset property explorer

Mean profile risk0.50
Highest axisArtefacts locaux · 1.00
Diagnostics8
Sources profiled1
ROD Raman native-axis 1925-point mineral subset 13194863 property profile0.250.50.751integritynoiseartefactsbaselinePCA outliersreferencerepeatabilitystructureROD Raman native-axis 1925-point mineral subset 13194863 profileintegrity: 0.00noise: 0.04artefacts: 1.00baseline: 0.21PCA outliers: 0.79reference: 1.00repeatability: 0.00structure: 1.00ROD Raman nativ…0 center · 1 outer ring · outward = stronger anomaly / heterogeneity signal

Profile axes

Intégrité0.00
Artefacts locaux1.00
Bruit0.04
Outliers PCA0.79
Distance à la référence1.00
Répétabilité0.00
Baseline / forme0.21
Structure multi-régimes1.00
Diagnostic hypotheses00.250.50.751hypothesis scoreSplice / raccord détecteursSplice / raccord détecteurs: 0.790.79Spectre hors domaine valideSpectre hors domaine valide: 0.650.65Signature VERA25-likeSignature VERA25-like: 0.610.61Dataset multi-régimesDataset multi-régimes: 0.590.59Erreur interpolation / réécha…Erreur interpolation / rééchantillonnage: 0.580.58Erreur calibration / référenc…Erreur calibration / référence blanche: 0.490.49Différence de sonde / géométr…Différence de sonde / géométrie: 0.470.47Fond différentFond différent: 0.440.44
DiagnosticScoreForceSignauxInterprétation probable
Splice / raccord détecteursX0.79forteSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00Rupture aux jonctions de détecteurs, calibration locale ou sonde différente.
Spectre hors domaine valideX0.65moyenneRMS/SAM référence 1.00, Structure PCA 1.00, Mahalanobis / T2 0.79Variété, espèce, lot ou condition différente mais physiquement plausible.
Signature VERA25-likeX0.61moyenneSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00Combinaison possible changement de sonde + splice, amplifiée par géométrie, fond ou calibration.
Dataset multi-régimesX0.59moyenneStructure PCA 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Mahalanobis / T2 0.79Mélange de campagnes, opérateurs, lots, setups ou sous-populations spectrales.
Erreur interpolation / rééchantillonnageX0.58moyenneSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, Noise RMS faible 0.96Artefacts numériques ou traitement spectral incorrect.
Erreur calibration / référence blancheX0.49moyenneRMS/SAM référence 1.00, artefacts locaux 1.00, Mahalanobis / T2 0.79Décalage systématique entre campagnes, instruments ou référence blanche.
Différence de sonde / géométrieX0.47moyenneRMS/SAM référence 1.00, Mahalanobis / T2 0.79, PCA Q 0.41Modification de l'illumination, collecte, angle ou distance sonde-échantillon.
Fond différentX0.44moyenneRMS/SAM référence 1.00, Mahalanobis / T2 0.79, PCA Q 0.41Effet systématique du support, blanc/noir, transflectance ou environnement de mesure.

Spectral sources

ROD native Raman axis group

X · Raman · ROD source metadata, not consistently specified
ROD native Raman axis group spectra05,00010,00015,00001,0002,0003,000q05-q95 envelopeq25-q75 envelopemedian spectrummedianq25–q75q05–q95wavelength / cm-1150.05cm-1 — median 1259 (q25–q75 911.2–2108)167.9cm-1 — median 1191 (q25–q75 717.8–2450)185.71cm-1 — median 1089 (q25–q75 532.2–2,006)203.47cm-1 — median 813.8 (q25–q75 652.8–1373)219.93cm-1 — median 783.6 (q25–q75 494.2–1708)237.61cm-1 — median 728 (q25–q75 410.4–1100)255.25cm-1 — median 719 (q25–q75 407.8–855.2)272.85cm-1 — median 728.6 (q25–q75 408.4–1003)290.41cm-1 — median 642.6 (q25–q75 414.6–852)307.93cm-1 — median 519.8 (q25–q75 416.4–756.4)324.15cm-1 — median 642.4 (q25–q75 413–985.6)341.59cm-1 — median 653.6 (q25–q75 411.8–1038)358.98cm-1 — median 687.2 (q25–q75 391.6–956.8)376.33cm-1 — median 649.8 (q25–q75 404.2–904.6)393.65cm-1 — median 657.8 (q25–q75 386.2–998.4)410.92cm-1 — median 660.8 (q25–q75 386.2–1055)426.92cm-1 — median 552.4 (q25–q75 391.6–800.8)444.11cm-1 — median 465.4 (q25–q75 373.2–766.2)461.26cm-1 — median 450 (q25–q75 380.4–784)478.37cm-1 — median 440.2 (q25–q75 377.4–947.2)495.44cm-1 — median 485.8 (q25–q75 374.8–763.6)512.47cm-1 — median 464.8 (q25–q75 391.4–782.6)529.46cm-1 — median 477.2 (q25–q75 373.4–791.2)545.2cm-1 — median 458 (q25–q75 370.6–811.6)562.12cm-1 — median 467.8 (q25–q75 368.6–870.6)578.99cm-1 — median 435 (q25–q75 381.6–827.2)595.82cm-1 — median 457.4 (q25–q75 372.4–854.6)612.62cm-1 — median 430 (q25–q75 366–867.4)629.37cm-1 — median 442.4 (q25–q75 386.4–866.8)644.9cm-1 — median 445.8 (q25–q75 387.4–856.4)661.58cm-1 — median 473.4 (q25–q75 375.4–862.4)678.22cm-1 — median 440.8 (q25–q75 395–831.4)694.82cm-1 — median 475.4 (q25–q75 395.8–822.6)711.38cm-1 — median 620 (q25–q75 373.2–870.8)727.91cm-1 — median 445.6 (q25–q75 400.6–743.8)743.22cm-1 — median 473.2 (q25–q75 384.6–943.2)759.67cm-1 — median 455.4 (q25–q75 382.6–725)776.08cm-1 — median 462.2 (q25–q75 375.4–731)792.46cm-1 — median 510.8 (q25–q75 376.2–880)808.79cm-1 — median 530 (q25–q75 392.4–868.2)825.09cm-1 — median 655.2 (q25–q75 389.4–941)841.35cm-1 — median 661.4 (q25–q75 381.4–1372)856.42cm-1 — median 636.4 (q25–q75 375.4–837)872.6cm-1 — median 674.4 (q25–q75 383.2–953.6)888.76cm-1 — median 646.6 (q25–q75 376.4–999.4)904.87cm-1 — median 624.6 (q25–q75 376–1,236)920.95cm-1 — median 637.4 (q25–q75 385.2–834.6)936.99cm-1 — median 490.4 (q25–q75 386.2–698.2)951.85cm-1 — median 492.6 (q25–q75 383.6–706.6)967.82cm-1 — median 510.6 (q25–q75 383–758)983.75cm-1 — median 491.8 (q25–q75 383.8–669.2)999.64cm-1 — median 490.6 (q25–q75 385.2–723.8)1015.5cm-1 — median 475.2 (q25–q75 399–687.8)1031.3cm-1 — median 482.4 (q25–q75 414.4–882.8)1046cm-1 — median 586.6 (q25–q75 458.8–1197)1061.7cm-1 — median 696 (q25–q75 450.6–1145)1077.5cm-1 — median 546.4 (q25–q75 409.6–935)1093.1cm-1 — median 515.6 (q25–q75 397–950)1108.8cm-1 — median 457.4 (q25–q75 386.8–741)1124.4cm-1 — median 449.4 (q25–q75 395.4–717.2)1140cm-1 — median 440.4 (q25–q75 396.2–698.8)1154.4cm-1 — median 435.4 (q25–q75 404.8–794.6)1169.9cm-1 — median 515 (q25–q75 428–930.8)1185.4cm-1 — median 475 (q25–q75 410.4–919.8)1200.8cm-1 — median 482.6 (q25–q75 412.4–939.8)1216.2cm-1 — median 479.6 (q25–q75 424.6–951.6)1231.6cm-1 — median 498.4 (q25–q75 428.8–974.8)1245.8cm-1 — median 510.6 (q25–q75 426.6–987.6)1261.1cm-1 — median 662.8 (q25–q75 438.2–1003)1276.4cm-1 — median 672.4 (q25–q75 439.8–1170)1291.6cm-1 — median 559.1 (q25–q75 447.7–1165)1306.1cm-1 — median 573.9 (q25–q75 452.8–1176)1321.3cm-1 — median 605.5 (q25–q75 442.8–1200)1335.4cm-1 — median 650.5 (q25–q75 437.2–1230)1350.6cm-1 — median 647.5 (q25–q75 440–1065)1365.7cm-1 — median 638.3 (q25–q75 458.2–1038)1380.8cm-1 — median 652.6 (q25–q75 464.6–1018)1395.9cm-1 — median 602 (q25–q75 457–1007)1411cm-1 — median 551 (q25–q75 459–1043)1424.9cm-1 — median 597.3 (q25–q75 472.2–1028)1439.9cm-1 — median 516.6 (q25–q75 468.4–1104)1454.8cm-1 — median 568.7 (q25–q75 457.6–1188)1469.7cm-1 — median 495.5 (q25–q75 449.2–1151)1484.6cm-1 — median 479.1 (q25–q75 442–1131)1499.4cm-1 — median 496.9 (q25–q75 430.6–980.6)1514.2cm-1 — median 501.1 (q25–q75 439.4–968)1528cm-1 — median 510.9 (q25–q75 426.6–977.8)1542.7cm-1 — median 492.9 (q25–q75 443.4–1020)1557.4cm-1 — median 522.1 (q25–q75 428.4–1023)1572.1cm-1 — median 508.7 (q25–q75 430.2–993.6)1586.8cm-1 — median 527.1 (q25–q75 416.2–1015)1601.4cm-1 — median 550.1 (q25–q75 444.4–1099)1614.9cm-1 — median 546.9 (q25–q75 442.1–1037)1629.5cm-1 — median 541.1 (q25–q75 458.1–1036)1644cm-1 — median 539.5 (q25–q75 423.2–1042)1658.5cm-1 — median 548.7 (q25–q75 443–1060)1673cm-1 — median 588.9 (q25–q75 453.8–1056)1687.4cm-1 — median 561.3 (q25–q75 476.6–1077)1700.8cm-1 — median 535.5 (q25–q75 454.3–1082)1715.2cm-1 — median 555.1 (q25–q75 453–1070)1729.5cm-1 — median 535.1 (q25–q75 445.5–1073)1743.8cm-1 — median 551.1 (q25–q75 440.1–1078)1758.1cm-1 — median 554.5 (q25–q75 454–1086)1772.3cm-1 — median 552.5 (q25–q75 453.4–1031)1786.5cm-1 — median 549.3 (q25–q75 457–890.3)1799.7cm-1 — median 564.9 (q25–q75 459.2–861.7)1813.8cm-1 — median 554.5 (q25–q75 472.2–831.1)1828cm-1 — median 564.7 (q25–q75 468.1–777.1)1842.1cm-1 — median 548.7 (q25–q75 461.9–765.3)1856.1cm-1 — median 561.7 (q25–q75 478.3–742.5)1870.2cm-1 — median 561.9 (q25–q75 472.7–749.3)1883.2cm-1 — median 556.9 (q25–q75 488.1–739.2)1897.1cm-1 — median 549.1 (q25–q75 475.5–726.4)1911.1cm-1 — median 568.9 (q25–q75 487.2–741.8)1,925cm-1 — median 568.1 (q25–q75 481.6–740.6)1938.9cm-1 — median 557.1 (q25–q75 486.1–733.2)1952.7cm-1 — median 547.9 (q25–q75 489.9–737.4)1965.6cm-1 — median 559.7 (q25–q75 490.7–746.6)1979.4cm-1 — median 559.1 (q25–q75 483.9–728.8)1993.1cm-1 — median 571.1 (q25–q75 486.3–734.2)2006.9cm-1 — median 553.7 (q25–q75 491.3–742.4)2020.6cm-1 — median 560.3 (q25–q75 482–727.8)2034.3cm-1 — median 579.7 (q25–q75 507–748.2)2047.9cm-1 — median 570.9 (q25–q75 490.5–719.6)2060.6cm-1 — median 573.5 (q25–q75 486.9–738.4)2074.1cm-1 — median 576.3 (q25–q75 502.4–750.4)2087.7cm-1 — median 568.9 (q25–q75 489.5–707.4)2101.2cm-1 — median 554.1 (q25–q75 486.9–723.2)2114.8cm-1 — median 569.3 (q25–q75 494.9–719.4)2128.2cm-1 — median 576.7 (q25–q75 505.7–715.4)2140.7cm-1 — median 582.7 (q25–q75 498.2–731)2154.1cm-1 — median 580.9 (q25–q75 519.8–726.4)2167.5cm-1 — median 571.7 (q25–q75 499.5–729)2180.9cm-1 — median 581.1 (q25–q75 492.9–696.6)2194.2cm-1 — median 565.3 (q25–q75 494.9–707.4)2207.5cm-1 — median 562.9 (q25–q75 492.3–693.8)2219.9cm-1 — median 567.3 (q25–q75 510.9–711.8)2233.1cm-1 — median 580.3 (q25–q75 524.2–704.6)2246.4cm-1 — median 578.7 (q25–q75 538–732.6)2259.6cm-1 — median 570.1 (q25–q75 530.3–728.8)

Sampling

Wavelengths1,925
Axis range150–2260 cm-1
Mean spacing1.1 cm-1
Gridirregular
Observations17

Signal & quality

Value range162 – 6.46e+04
Mean range682 – 4.68e+03
Mean level937
Area1.988e+06
PTP3995
Noise RMS8.8369
SNR1.1e+02
SNR dB4e+01 dB
Dynamic range4e+03
Smoothness271.2
Saturated0.0%
X-outliers5

Integrity & artefacts

NaN ratio0.00%
Inf count0
Zero ratio0.00%
Spike count348
Spike rate1.06%
Jump count887
Jump rate2.71%
Clip fraction0.01%

Shape & reference

Baseline slope-216.42
Curvature RMS90.677
D1 RMS156.67
RMS to mean865.66
RMS p952615
SAM to mean0.71744
SAM p951.1553
Affine offset p952325.8
Affine gain p95 Δ2.4427
Affine residual p952420.4
Xcorr lag p9537

Outliers & repeatability

PCA Q p95/median3.3
Hotelling T2 p95/median6.3
Mahalanobis H p95/median2.5
Repeat groups0

Dimensionality (PCA)

Effective rank6.7
PCs → 95% var8
PCs → 99% var11
Top-10 cum. var98.9%
Computed metric scores 29worst 1.00
FamilleMétrique calculéeValeurScoreNiveauInterprétation datasetCauses typiquesCalcul / scoring
Intégrité des donnéesNaN ratiointegrity.nan_ratio0%0.00faibleSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countintegrity.inf_count00.00faibleNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratiointegrity.zero_ratio0%0.00faibleNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceamplitude.mean_reflectance936.980.21faibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveamplitude.area_under_curve1.9877e+060.21faibleNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)amplitude.peak_to_peak3995.30.00faibleVariabilité forteSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceamplitude.variance2.304e+060.00faibleNormal ou hétérogèneMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSnoise.noise_rms8.83690.04faibleStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRnoise.snr106.030.00faibleBon signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRnoise.bandwise_snr_min40.8510.08faibleZone fiableDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countartefacts.spike_count3481.00fortArtefactsCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateartefacts.spike_rate1.06%1.00fortSpectre suspectInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countartefacts.jump_count8871.00fortRaccord détecteurSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateartefacts.jump_rate2.71%1.00fortProblème spectralCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionartefacts.clip_fraction0.00611%0.01faibleNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopeshape.baseline_slope-216.420.11faibleStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSshape.curvature_rms90.6771.00fortForme inhabituelleFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSshape.d1_rms156.670.78fortSpectre structuréBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)outliers.pca_q_ratio3.26350.41faibleConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²outliers.hotelling_t2_ratio6.28610.79fortExtrême mais cohérentVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis Houtliers.mahalanobis_h_ratio2.50720.63moyenOutlier globalDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumreference.rms_to_mean_spectrum_p9526151.00fortSpectre différentDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)reference.sam_to_mean_spectrum_p951.15531.00fortForme différenteFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDrepeatability.rms_intra_id—0.00faibleStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDrepeatability.sam_intra_id—0.00faibleStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDrepeatability.cv_intra_id—0.00faibleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densitystructure.pca_score_density4.3731e-051.00fortSous-populationsLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)structure.local_outlier_factor_p955.21761.00fortSpectre isoléCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scorestructure.isolation_forest_score_p950.523121.00fortSpectre atypiqueDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
X PCA score plot-50,000050,000100,000150,000-50,000050,000100,000PC1 -1.436e+04 · PC2 -8297PC1 -5827 · PC2 -6912PC1 -1.752e+04 · PC2 1.153e+04PC1 -1.472e+04 · PC2 -8629PC1 3.704e+04 · PC2 1387PC1 -1.716e+04 · PC2 -2.613e+04PC1 1.449e+05 · PC2 1.327e+04PC1 1.109e+04 · PC2 -8151PC1 -1.541e+04 · PC2 -6583PC1 -1.479e+04 · PC2 3861PC1 -1.004e+04 · PC2 -6660PC1 -1266 · PC2 -6300PC1 -1.515e+04 · PC2 -8425PC1 -1.376e+04 · PC2 -9804PC1 1131 · PC2 -1.34e+04PC1 -3.238e+04 · PC2 9.967e+04PC1 -2.174e+04 · PC2 -2.043e+04PC1 (36.5%)PC2 (17.0%)17 scores
PCA explained variance0%25%50%75%100%PC1: 36.5% (cumulative 36.5%)1PC2: 17.0% (cumulative 53.5%)2PC3: 14.5% (cumulative 68.0%)3PC4: 10.0% (cumulative 78.0%)4PC5: 7.3% (cumulative 85.3%)5PC6: 5.7% (cumulative 90.9%)6PC7: 3.7% (cumulative 94.6%)7PC8: 2.5% (cumulative 97.1%)8PC9: 1.2% (cumulative 98.3%)9PC10: 0.6% (cumulative 98.9%)10cumulative explained variancePC variancecumulativeprincipal component · cumulative (dashed)

Metric interpretation reference

Metric catalog 29
FamilleMétriqueCe qu’elle détecteForte valeur =Faible valeur =Causes typiquesCalcul / score
Intégrité des donnéesNaN ratioDonnées manquantesSpectre corrompuSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countValeurs infiniesCorruptionNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratioColonnes ou cellules nullesSpectre tronquéNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceNiveau moyenTrop clair / fond visibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveIntensité globaleDifférence d'éclairementNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)DynamiqueVariabilité forteSpectre platSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceVariabilité spectraleNormal ou hétérogèneSpectre platMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSBruit haute fréquenceBruitéStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRQualité signalBon signalMauvais signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRBruit localiséZone fiableZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countPics étroitsArtefactsSpectre propreCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateDensité de picsSpectre suspectNormalInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countDiscontinuitésRaccord détecteurContinuSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateFréquence de sautsProblème spectralNormalCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionSaturationClippingNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopePente globaleDériveStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSCourbureForme inhabituelleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSVariabilité localeSpectre structuréPlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)Non expliqué par PCASpectre atypiqueConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²Extrême dans PCAExtrême mais cohérentCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis HDistance au nuageOutlier globalPopulation normaleDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumDistance moyenneSpectre différentTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)Différence de formeForme différenteSimilaireFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDReproductibilitéMauvaise répétabilitéStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDVariation de formeInstableStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDVariabilité interneMauvais contrôleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densityClustersSous-populationsHomogèneLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)Anomalie localeSpectre isoléPopulation normaleCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scoreAnomalie globaleSpectre atypiqueNormalDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
Technology-specific extensions
TechnologieAdaptations / métriquesAnomalies cibléesCommentaire pratique
UV-Vis 300-1000 nmBaseline, pente globale, dérive aux bords 300-350 et 900-1000; métriques par zonesLumière parasite, mauvais blanc, saturation, faible signal aux extrémitésLes bords sont souvent instables; calculer aussi des scores edge/middle.
UV-Vis 300-1000 nmSaturation / clipping proche absorbance max ou réflectance maxSignal écrêtéTrès important si absorption forte.
UV-Vis 300-1000 nmRed-edge, position de maximum, ratios de bandes si végétalDécalage biologique ou artefact optiqueAide à distinguer changement réel et problème d'acquisition.
UV-Vis 300-1000 nmSmoothness / roughness indexBruit haute fréquenceSouvent plus informatif que le SNR seul.
MIR / ATR-FTIRATR contact quality index: intensité globale, aire totale, profondeur des bandes clésMauvais contact cristal-échantillonCrucial: beaucoup d'anomalies viennent du contact ATR.
MIR / ATR-FTIRCO2 / H2O atmospheric bandsMauvaise correction atmosphériquePics parasites fréquents.
MIR / ATR-FTIRBaseline curvature / rubber-band residualDiffusion, contact, dérive baselineTrès utile avant PCA.
MIR / ATR-FTIRPeak position shiftMauvais alignement spectral / calibrationImportant en FTIR car de petits shifts comptent.
MIR / ATR-FTIRBand area ratios sur bandes connuesSpectre chimiquement incohérentÀ adapter par matrice: polysaccharides, protéines, lipides, etc.
HS-MSTotal Ion Current (TIC), Base Peak Intensity (BPI)Injection faible, ionisation instableÉquivalent MS du niveau global spectral.
HS-MSNombre de pics détectésSpectre pauvre ou trop bruitéTrop peu = mauvais signal; trop = bruit/contamination.
HS-MSMass accuracy / m/z driftProblème calibration masseFondamental en HRMS.
HS-MSRetention time drift si LC/GC-MSDérive chromatographiqueÀ suivre sur standards/QC pools.
HS-MSBlank contamination scoreContaminants / carry-overComparer échantillons vs blancs.
HS-MSInternal standard CVVariabilité instrumentaleTrès robuste si standards disponibles.
HS-MSMissingness par featureInstabilité de détectionCrucial pour filtrer les variables.
Avec répétitionsRMS intra-échantillonRépétabilité globaleApplicable à toutes les technologies.
Avec répétitionsSAM / corrélation intra-échantillonRépétabilité de formeTrès utile pour spectres.
Avec répétitionsCV intra-échantillon par bande / featureRépétabilité localeDétecte les zones instables.
Avec répétitionsICC ou variance componentsPart variance échantillon vs techniqueTrès utile si plusieurs répétitions par sample.
Avec répétitionsDistance au centroïde intra-IDRépétition aberrantePermet de flagger la mauvaise répétition plutôt que le sample entier.
Bug-hunting / supervised audits
Famille de bug potentielMéthodes à ajouterCe que ça détecteÉtat dans l’explorateur
Shift spectral globalCorrélation spectre moyen inter-dataset, DTW, cross-correlation, comparaison positions de picsDécalage en longueur d'onde, mauvais alignement, interpolation différentePartiellement calculé: cross-correlation lag et dispersion des positions de pics vs spectre moyen.
Baseline / offset / gainRégression chaque spectre vs spectre moyen: x = a + b ref + residual; suivi de a, b, RMS résiduelOffset additif, effet multiplicatif, dérive de baselineCalculé dans reference.affine_*.
Mélange de lignes / mauvais appariement X-M-YVérification index, hash des lignes, duplication ID, distance spectrale intra-ID, labels incohérentsLignes mélangées, metadata mal alignées, Y attribué au mauvais spectrePartiellement couvert par répétabilité intra-ID; checks index/hash à ajouter au pipeline canonical.
Fuite d'information / répétitions mal splitéesGroupKFold par sample_id vs StratifiedKFold random; audit des partitions par sample_idPerformance artificiellement bonne due aux répétitionsNécessite splits et benchmark modèle; non calculé par la carte descriptive.
Label bugsÉchantillons proches en X mais Y différents, confident learning, erreurs systématiques FP/FNY inversés, erreurs de saisie, classes ambiguësNécessite Y et/ou modèle; recommandé pour l'explorateur supervisé.
Sous-domaines cachésPCA/UMAP/t-SNE + clustering non supervisé + association avec dataset/Y/date/operatorLots, campagnes, sondes, backgrounds non renseignésPartiellement calculé par structure PCA/LOF; UMAP/t-SNE hors carte statique.
Artefacts localisés inconnusCarte wavelength x dataset: différence moyenne, différence variance, KS par longueur d'ondeRégions spectrales anormales non anticipéesÀ calculer au niveau banque quand plusieurs datasets partagent un axe spectral.
Ruptures instrumentalesDiscontinuités dans dérivées, changepoint detectionSplice, raccord détecteur, saut local non prévuCalculé par jump/spike rates; changepoint plus avancé à ajouter.
Mélange / contamination spectraleNMF / unmixing / reconstruction par convex hullComposante externe: fond, plastique, solNon calculé automatiquement; nécessite hypothèses de composants ou grande bibliothèque.
Features instables mais prédictivesImportance modèle vs instabilité QC par variableModèle qui apprend un artefact plutôt qu'un signal biologiqueNécessite modèle supervisé; recommandé pour rapports de benchmark.

Variables

Targets 4

mineral_name

target · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBismutite (1)

chemical_formula_sum

target · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classC Bi2 O5 (1)

compound_source

target · categorical
compound_source classescommercial Prolabo 99%commercial Prolabo 99%: 22commercial Alfa Aesar 99%commercial Alfa Aesar 99%: 22commercial AlDRICH 99%commercial AlDRICH 99%: 11commercial powder Aldrich 97%commercial powder Aldrich 97%: 11commercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99%: 11commercial powder RP Normapur…commercial powder RP Normapur >99%: 11commercial Aldrich purcommercial Aldrich pur: 11commercial Chempur 99.9%commercial Chempur 99.9%: 11commercial LABOSI 99.9%commercial LABOSI 99.9%: 11commercial Aldrich 99%commercial Aldrich 99%: 11+5 more+5 more: 55
n / missing17 / 0
Classes15
Balance (entropy)0.99
Imbalance ratio2
Top classcommercial Prolabo 99% (2)

rod_database_code

target · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top class3500215 (1)

Metadata 5

chemical_name_mineral

metadata · categorical
n / missing17 / 1
Classes16
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBismutite (1)

chemical_name_systematic

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBismuth subcarbonate (1)

chemical_formula_structural

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBi2 (C O3) O2 (1)

chemical_compound_source

metadata · categorical
chemical_compound_source classescommercial Prolabo 99%commercial Prolabo 99%: 22commercial Alfa Aesar 99%commercial Alfa Aesar 99%: 22commercial AlDRICH 99%commercial AlDRICH 99%: 11commercial powder Aldrich 97%commercial powder Aldrich 97%: 11commercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99%: 11commercial powder RP Normapur…commercial powder RP Normapur >99%: 11commercial Aldrich purcommercial Aldrich pur: 11commercial Chempur 99.9%commercial Chempur 99.9%: 11commercial LABOSI 99.9%commercial LABOSI 99.9%: 11commercial Aldrich 99%commercial Aldrich 99%: 11+5 more+5 more: 55
n / missing17 / 0
Classes15
Balance (entropy)0.99
Imbalance ratio2
Top classcommercial Prolabo 99% (2)

publ_section_title

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classRaman spectrum of commercial (BiO)2CO3 (1)
Constant metadata 9
  • axis_digest131948632f658817
  • axis_unitcm^-1
  • axis_min150
  • axis_max2260
  • n_points_original1,925
  • spectroscopy_typeRaman
  • axis_statusreal_common_axis_subset
  • interpolation_appliedfalse
  • journal_year2,018

7 variable(s) omitted (no recorded values).

Alignment

Alignment levelobservation
Sample id availableyes
Samples17
Observations (total)17
Reps per samplemin 1 · mean 1 · max 1

Provenance & citation

ContributorRaman Open Database
Origin · url [open]https://solsa.crystallography.net/rod/
Origin · script [manual]source_to_standard.py — standardization script (maintainer-only)

Governance & integrity

Tierpublic
LicenseCC0-1.0
Permitted useResearch and benchmarking.
Access policyOpen per source license.
RedistributionROD states that all data and the database are CC0/public domain. Users should acknowledge the original authors of the structural data.
Content version1.0.0
Schema / protocol2.0
Content hash82c9ccfb0d0c2566…
Processing hash1d3615b2d83e2791…
Metadata hash97fec4befa2fbda5…

Load this dataset

# pip install nirs4all-datasets
from nirs4all_datasets import get

ds = get("rod_raman_native_axis_1925points_13194863")            # DOI-pinned, checksum-verified, cached
X, y = ds.x(), ds.y()
print(X.shape, y.shape)
card.jsoncroissant.jsonIdentity metadata only — the dataset bytes live at the origin / DOI.