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Publicraw reproducible

ROD Raman native-axis 2515-point mineral subset 4efbe55b

rod · Raman

ROD Raman native-axis 2515-point mineral subset 4efbe55b. v2.0 standardized NIRS package: 1 spectral source(s), 4 declared target(s). Auto-generated from dataset_card.json (verify before publication).

nirv2rod
15
samples
2,515
wavelengths
1
sources
4
targets
21
metadata
Raman
family

Dataset property explorer

Mean profile risk0.44
Highest axisArtefacts locaux · 1.00
Diagnostics8
Sources profiled1
ROD Raman native-axis 2515-point mineral subset 4efbe55b property profile0.250.50.751integritynoiseartefactsbaselinePCA outliersreferencerepeatabilitystructureROD Raman native-axis 2515-point mineral subset 4efbe55b profileintegrity: 0.04noise: 0.00artefacts: 1.00baseline: 0.09PCA outliers: 0.42reference: 1.00repeatability: 0.00structure: 1.00ROD Raman nativ…0 center · 1 outer ring · outward = stronger anomaly / heterogeneity signal

Profile axes

Intégrité0.04
Artefacts locaux1.00
Bruit0.00
Outliers PCA0.42
Distance à la référence1.00
Répétabilité0.00
Baseline / forme0.09
Structure multi-régimes1.00
Diagnostic hypotheses00.250.50.751hypothesis scoreSplice / raccord détecteursSplice / raccord détecteurs: 0.820.82Erreur interpolation / réécha…Erreur interpolation / rééchantillonnage: 0.610.61Signature VERA25-likeSignature VERA25-like: 0.600.60Dataset multi-régimesDataset multi-régimes: 0.530.53Spectre hors domaine valideSpectre hors domaine valide: 0.510.51Différence de sonde / géométr…Différence de sonde / géométrie: 0.430.43Erreur calibration / référenc…Erreur calibration / référence blanche: 0.410.41Spectre très bruitéSpectre très bruité: 0.340.34
DiagnosticScoreForceSignauxInterprétation probable
Splice / raccord détecteursX0.82forteSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00Rupture aux jonctions de détecteurs, calibration locale ou sonde différente.
Erreur interpolation / rééchantillonnageX0.61moyenneSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, SNR normal/élevé 1.00Artefacts numériques ou traitement spectral incorrect.
Signature VERA25-likeX0.60moyenneSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00Combinaison possible changement de sonde + splice, amplifiée par géométrie, fond ou calibration.
Dataset multi-régimesX0.53moyenneStructure PCA 1.00, RMS/SAM référence 1.00, PCA Q 0.42Mélange de campagnes, opérateurs, lots, setups ou sous-populations spectrales.
Spectre hors domaine valideX0.51moyenneRMS/SAM référence 1.00, Structure PCA 1.00, Mahalanobis / T2 0.42Variété, espèce, lot ou condition différente mais physiquement plausible.
Différence de sonde / géométrieX0.43moyenneRMS/SAM référence 1.00, PCA Q 0.42, Mahalanobis / T2 0.42Modification de l'illumination, collecte, angle ou distance sonde-échantillon.
Erreur calibration / référence blancheX0.41faibleRMS/SAM référence 1.00, artefacts locaux 1.00, PCA Q 0.42Décalage systématique entre campagnes, instruments ou référence blanche.
Spectre très bruitéX0.34faibleSpike rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00, PCA Q 0.42Faible signal, problème détecteur, lampe ou acquisition instable.

Spectral sources

ROD native Raman axis group

X · Raman · ROD source metadata, not consistently specified
ROD native Raman axis group spectra02,0004,0006,0008,00005001,0001,500q05-q95 envelopeq25-q75 envelopemedian spectrummedianq25–q75q05–q95wavelength / cm-189.783cm-1 — median 0 (q25–q75 0–0)98.461cm-1 — median 8.016 (q25–q75 2.154–25.22)107.14cm-1 — median 30.46 (q25–q75 13.66–67.64)115.82cm-1 — median 63.76 (q25–q75 24.11–185.7)124.5cm-1 — median 51.98 (q25–q75 34.72–179.2)133.17cm-1 — median 34.55 (q25–q75 16.35–81.37)142.33cm-1 — median 43.23 (q25–q75 14.94–123.2)151.01cm-1 — median 38.31 (q25–q75 4.31–94.56)159.69cm-1 — median 53.65 (q25–q75 7.992–225.6)168.37cm-1 — median 25.48 (q25–q75 7.295–47.73)177.05cm-1 — median 21.25 (q25–q75 7.347–38.48)185.72cm-1 — median 9.319 (q25–q75 2.958–43.43)194.4cm-1 — median 10.85 (q25–q75 3.47–33.11)203.08cm-1 — median 20.33 (q25–q75 6.317–98.34)211.76cm-1 — median 50.8 (q25–q75 3.67–137.9)220.44cm-1 — median 6.757 (q25–q75 1.051–104.2)229.11cm-1 — median 12.06 (q25–q75 1.466–73.94)237.79cm-1 — median 19.12 (q25–q75 4.877–54.99)246.95cm-1 — median 19.15 (q25–q75 7.109–109.6)255.63cm-1 — median 46.38 (q25–q75 8.716–112)264.31cm-1 — median 41.58 (q25–q75 9.011–79.71)272.99cm-1 — median 45.1 (q25–q75 18.98–92.04)281.67cm-1 — median 62.86 (q25–q75 14.69–192.8)290.34cm-1 — median 38.63 (q25–q75 20.78–131.8)299.02cm-1 — median 26.25 (q25–q75 21.65–103.4)307.7cm-1 — median 49.78 (q25–q75 6.549–126.1)316.38cm-1 — median 39.49 (q25–q75 3.642–403.1)325.06cm-1 — median 32.29 (q25–q75 20.33–805.7)333.73cm-1 — median 42.56 (q25–q75 11.33–684.2)342.89cm-1 — median 54.68 (q25–q75 5.668–206)351.57cm-1 — median 60.06 (q25–q75 3.031–202.4)360.25cm-1 — median 50.32 (q25–q75 4.797–98.75)368.93cm-1 — median 40.09 (q25–q75 14.84–98.91)377.61cm-1 — median 32.87 (q25–q75 12.65–90.97)386.29cm-1 — median 8.114 (q25–q75 2.783–34.69)394.96cm-1 — median 8.072 (q25–q75 2.282–48.91)403.64cm-1 — median 4.253 (q25–q75 2.54–105.4)412.32cm-1 — median 9.56 (q25–q75 4.845–41.54)421cm-1 — median 16.21 (q25–q75 4.211–38.82)429.68cm-1 — median 23.26 (q25–q75 12.05–45.55)438.35cm-1 — median 35.83 (q25–q75 10.7–84.27)447.51cm-1 — median 33.72 (q25–q75 10.62–60.69)456.19cm-1 — median 40.14 (q25–q75 3.101–65.32)464.87cm-1 — median 35.36 (q25–q75 4.65–95.24)473.55cm-1 — median 15.97 (q25–q75 3.402–87.64)482.23cm-1 — median 25.16 (q25–q75 3.303–96.07)490.9cm-1 — median 11.69 (q25–q75 4.897–44.92)499.58cm-1 — median 4.614 (q25–q75 1.845–16.62)508.26cm-1 — median 3.321 (q25–q75 2.614–16.33)516.94cm-1 — median 3.482 (q25–q75 2.078–14.31)525.62cm-1 — median 3.255 (q25–q75 2.601–9.29)534.29cm-1 — median 3.075 (q25–q75 1.598–15.35)542.97cm-1 — median 7.97 (q25–q75 2.387–33.07)552.13cm-1 — median 4.797 (q25–q75 1.646–52.68)560.81cm-1 — median 7.598 (q25–q75 2.282–83.52)569.49cm-1 — median 11.97 (q25–q75 1.162–83.59)578.17cm-1 — median 7.1 (q25–q75 3.396–88.49)586.85cm-1 — median 6.912 (q25–q75 2.037–56.11)595.52cm-1 — median 7.094 (q25–q75 1.465–41)604.2cm-1 — median 14.6 (q25–q75 1.795–51.77)612.88cm-1 — median 8.274 (q25–q75 5.301–82.56)621.56cm-1 — median 7.724 (q25–q75 3.799–92.56)630.24cm-1 — median 6.96 (q25–q75 2.944–60.3)638.91cm-1 — median 7.138 (q25–q75 4.089–36.53)648.07cm-1 — median 8.861 (q25–q75 5.146–30.89)656.75cm-1 — median 16.62 (q25–q75 4.252–37.12)665.43cm-1 — median 11.79 (q25–q75 4.713–72.22)674.11cm-1 — median 11.93 (q25–q75 6.399–55.53)682.79cm-1 — median 9.463 (q25–q75 4.511–43.47)691.46cm-1 — median 20.08 (q25–q75 3.786–41.24)700.14cm-1 — median 14.39 (q25–q75 3.162–55.58)708.82cm-1 — median 11.58 (q25–q75 6.533–61.72)717.5cm-1 — median 22.19 (q25–q75 5.429–53.92)726.18cm-1 — median 6.726 (q25–q75 3.189–24.83)734.86cm-1 — median 7.357 (q25–q75 2.293–54.56)743.53cm-1 — median 5.968 (q25–q75 1.748–152.9)752.69cm-1 — median 10.25 (q25–q75 5.05–138.6)761.37cm-1 — median 12.56 (q25–q75 4.636–50.5)770.05cm-1 — median 33.03 (q25–q75 15.86–46.63)778.73cm-1 — median 51.13 (q25–q75 8.591–118.1)787.41cm-1 — median 39.61 (q25–q75 6.652–204.3)796.08cm-1 — median 30.11 (q25–q75 3.43–322.7)804.76cm-1 — median 13.85 (q25–q75 5.354–477.5)813.44cm-1 — median 10.61 (q25–q75 3.934–655.9)822.12cm-1 — median 38.94 (q25–q75 4.9–869.8)830.8cm-1 — median 49.3 (q25–q75 1.67–1296)839.47cm-1 — median 96.63 (q25–q75 2.704–1457)848.63cm-1 — median 29.77 (q25–q75 3.623–493.1)857.31cm-1 — median 31.62 (q25–q75 5.594–307.5)865.99cm-1 — median 32.44 (q25–q75 8.455–221.9)874.67cm-1 — median 26.4 (q25–q75 11.07–139.5)883.35cm-1 — median 35.89 (q25–q75 4.161–126.3)892.03cm-1 — median 17.19 (q25–q75 3.271–41.15)900.7cm-1 — median 9.338 (q25–q75 2.79–24.76)909.38cm-1 — median 3.378 (q25–q75 1.026–8.655)918.06cm-1 — median 4.396 (q25–q75 2.446–6.626)926.74cm-1 — median 4.85 (q25–q75 0.672–26.53)935.42cm-1 — median 3.064 (q25–q75 1.978–53.87)944.09cm-1 — median 7.08 (q25–q75 3.908–43.54)953.25cm-1 — median 10.11 (q25–q75 5.627–51.41)961.93cm-1 — median 18.68 (q25–q75 6.652–103.3)970.61cm-1 — median 13.99 (q25–q75 5.137–46.43)979.29cm-1 — median 11.79 (q25–q75 3.054–23.89)987.97cm-1 — median 9.595 (q25–q75 5.357–20.01)996.64cm-1 — median 7.35 (q25–q75 5.978–18.22)1005.3cm-1 — median 10.35 (q25–q75 7.82–38.15)1014cm-1 — median 14.12 (q25–q75 8.043–35.7)1022.7cm-1 — median 8.328 (q25–q75 3.868–13.47)1031.4cm-1 — median 6.955 (q25–q75 4.821–15.76)1040cm-1 — median 6.019 (q25–q75 5.063–19.73)1048.7cm-1 — median 6.434 (q25–q75 3.405–17.01)1057.9cm-1 — median 4.424 (q25–q75 3.007–8.971)1066.6cm-1 — median 2.479 (q25–q75 1.257–7.658)1075.2cm-1 — median 2.086 (q25–q75 0.9336–11.77)1083.9cm-1 — median 1.696 (q25–q75 0.7115–5.921)1092.6cm-1 — median 2.851 (q25–q75 1.023–10.63)1101.3cm-1 — median 1.688 (q25–q75 0.6823–12.99)1109.9cm-1 — median 2.369 (q25–q75 0.9369–11.06)1118.6cm-1 — median 3.291 (q25–q75 1.353–9.744)1127.3cm-1 — median 3.911 (q25–q75 1.233–6.946)1136cm-1 — median 2.951 (q25–q75 1.056–7.2)1144.7cm-1 — median 3.254 (q25–q75 0.5213–12.02)1153.8cm-1 — median 3.714 (q25–q75 1.562–11.07)1162.5cm-1 — median 2.273 (q25–q75 1.522–7.115)1171.2cm-1 — median 3.67 (q25–q75 0.8357–7.446)1179.8cm-1 — median 4.011 (q25–q75 0.8807–12.74)1188.5cm-1 — median 6.533 (q25–q75 1.547–13.11)1197.2cm-1 — median 5.161 (q25–q75 2.127–11.88)1205.9cm-1 — median 3.773 (q25–q75 0.8657–8.447)1214.6cm-1 — median 2.931 (q25–q75 1.541–6.489)1223.2cm-1 — median 2.685 (q25–q75 1.726–5.548)1231.9cm-1 — median 1.979 (q25–q75 1.605–4.83)1240.6cm-1 — median 2.963 (q25–q75 1.605–5.641)1249.3cm-1 — median 4.595 (q25–q75 2.299–5.627)1258.4cm-1 — median 2.075 (q25–q75 1.082–5.146)1267.1cm-1 — median 1.068 (q25–q75 0.2989–1.779)1275.8cm-1 — median 2.162 (q25–q75 1.175–5.891)1284.5cm-1 — median 2.67 (q25–q75 0.986–6.265)1293.1cm-1 — median 2.858 (q25–q75 0.8325–7.943)1301.8cm-1 — median 0 (q25–q75 0–0)

Sampling

Wavelengths2,515
Axis range89.78–1302 cm-1
Mean spacing0.482 cm-1
Griduniform
Observations15

Signal & quality

Value range0 – 1.63e+04
Mean range0 – 1.54e+03
Mean level134.2
Area1.627e+05
PTP1543
Noise RMS0.25136
SNR5.3e+02
SNR dB5e+01 dB
Dynamic range1.54e+03
Smoothness7.399
Saturated0.0%
X-outliers4

Integrity & artefacts

NaN ratio0.00%
Inf count0
Zero ratio0.08%
Spike count815
Spike rate2.16%
Jump count3,104
Jump rate8.23%
Clip fraction0.08%

Shape & reference

Baseline slope-67.241
Curvature RMS1.7501
D1 RMS12.361
RMS to mean301.58
RMS p951049.8
SAM to mean1.2251
SAM p951.4156
Affine offset p95198.48
Affine gain p95 Δ3.1812
Affine residual p95758.65
Xcorr lag p9550

Outliers & repeatability

PCA Q p95/median3.4
Hotelling T2 p95/median2.8
Mahalanobis H p95/median1.7
Repeat groups0

Dimensionality (PCA)

Effective rank4.5
PCs → 95% var6
PCs → 99% var10
Top-10 cum. var99.3%
Computed metric scores 29worst 1.00
FamilleMétrique calculéeValeurScoreNiveauInterprétation datasetCauses typiquesCalcul / scoring
Intégrité des donnéesNaN ratiointegrity.nan_ratio0%0.00faibleSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countintegrity.inf_count00.00faibleNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratiointegrity.zero_ratio0.0795%0.02faibleNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceamplitude.mean_reflectance134.170.09faibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveamplitude.area_under_curve1.6268e+050.09faibleNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)amplitude.peak_to_peak15430.00faibleVariabilité forteSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceamplitude.variance3.0325e+050.00faibleNormal ou hétérogèneMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSnoise.noise_rms0.251360.00faibleStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRnoise.snr533.770.00faibleBon signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRnoise.bandwise_snr_min1.38940.92fortZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countartefacts.spike_count8151.00fortArtefactsCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateartefacts.spike_rate2.16%1.00fortSpectre suspectInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countartefacts.jump_count3,1041.00fortRaccord détecteurSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateartefacts.jump_rate8.23%1.00fortProblème spectralCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionartefacts.clip_fraction0.0822%0.08faibleNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopeshape.baseline_slope-67.2410.09faibleStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSshape.curvature_rms1.75010.11faibleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSshape.d1_rms12.3610.16faiblePlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)outliers.pca_q_ratio3.37720.42moyenSpectre atypiqueArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²outliers.hotelling_t2_ratio2.82860.35faibleCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis Houtliers.mahalanobis_h_ratio1.68190.42moyenOutlier globalDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumreference.rms_to_mean_spectrum_p951049.81.00fortSpectre différentDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)reference.sam_to_mean_spectrum_p951.41561.00fortForme différenteFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDrepeatability.rms_intra_id—0.00faibleStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDrepeatability.sam_intra_id—0.00faibleStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDrepeatability.cv_intra_id—0.00faibleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densitystructure.pca_score_density8.4625e-051.00fortSous-populationsLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)structure.local_outlier_factor_p954.85231.00fortSpectre isoléCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scorestructure.isolation_forest_score_p950.598781.00fortSpectre atypiqueDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
X PCA score plot-60,000-40,000-20,000020,000-40,000-20,000020,00040,000PC1 -3.018e+04 · PC2 -3.68e+04PC1 5538 · PC2 -3901PC1 6016 · PC2 -5130PC1 9883 · PC2 3779PC1 -5.349e+04 · PC2 2.731e+04PC1 9873 · PC2 3551PC1 8548 · PC2 4872PC1 8933 · PC2 4917PC1 3491 · PC2 -2613PC1 8582 · PC2 3893PC1 -6410 · PC2 -1.775e+04PC1 -1668 · PC2 6459PC1 1.05e+04 · PC2 3950PC1 1.054e+04 · PC2 3872PC1 9842 · PC2 3590PC1 (46.8%)PC2 (26.6%)15 scores
PCA explained variance0%25%50%75%100%PC1: 46.8% (cumulative 46.8%)1PC2: 26.6% (cumulative 73.4%)2PC3: 10.5% (cumulative 83.9%)3PC4: 7.4% (cumulative 91.3%)4PC5: 2.6% (cumulative 93.9%)5PC6: 1.8% (cumulative 95.8%)6PC7: 1.4% (cumulative 97.1%)7PC8: 0.9% (cumulative 98.0%)8PC9: 0.7% (cumulative 98.7%)9PC10: 0.6% (cumulative 99.3%)10cumulative explained variancePC variancecumulativeprincipal component · cumulative (dashed)

Metric interpretation reference

Metric catalog 29
FamilleMétriqueCe qu’elle détecteForte valeur =Faible valeur =Causes typiquesCalcul / score
Intégrité des donnéesNaN ratioDonnées manquantesSpectre corrompuSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countValeurs infiniesCorruptionNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratioColonnes ou cellules nullesSpectre tronquéNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceNiveau moyenTrop clair / fond visibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveIntensité globaleDifférence d'éclairementNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)DynamiqueVariabilité forteSpectre platSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceVariabilité spectraleNormal ou hétérogèneSpectre platMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSBruit haute fréquenceBruitéStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRQualité signalBon signalMauvais signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRBruit localiséZone fiableZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countPics étroitsArtefactsSpectre propreCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateDensité de picsSpectre suspectNormalInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countDiscontinuitésRaccord détecteurContinuSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateFréquence de sautsProblème spectralNormalCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionSaturationClippingNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopePente globaleDériveStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSCourbureForme inhabituelleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSVariabilité localeSpectre structuréPlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)Non expliqué par PCASpectre atypiqueConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²Extrême dans PCAExtrême mais cohérentCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis HDistance au nuageOutlier globalPopulation normaleDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumDistance moyenneSpectre différentTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)Différence de formeForme différenteSimilaireFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDReproductibilitéMauvaise répétabilitéStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDVariation de formeInstableStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDVariabilité interneMauvais contrôleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densityClustersSous-populationsHomogèneLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)Anomalie localeSpectre isoléPopulation normaleCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scoreAnomalie globaleSpectre atypiqueNormalDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
Technology-specific extensions
TechnologieAdaptations / métriquesAnomalies cibléesCommentaire pratique
UV-Vis 300-1000 nmBaseline, pente globale, dérive aux bords 300-350 et 900-1000; métriques par zonesLumière parasite, mauvais blanc, saturation, faible signal aux extrémitésLes bords sont souvent instables; calculer aussi des scores edge/middle.
UV-Vis 300-1000 nmSaturation / clipping proche absorbance max ou réflectance maxSignal écrêtéTrès important si absorption forte.
UV-Vis 300-1000 nmRed-edge, position de maximum, ratios de bandes si végétalDécalage biologique ou artefact optiqueAide à distinguer changement réel et problème d'acquisition.
UV-Vis 300-1000 nmSmoothness / roughness indexBruit haute fréquenceSouvent plus informatif que le SNR seul.
MIR / ATR-FTIRATR contact quality index: intensité globale, aire totale, profondeur des bandes clésMauvais contact cristal-échantillonCrucial: beaucoup d'anomalies viennent du contact ATR.
MIR / ATR-FTIRCO2 / H2O atmospheric bandsMauvaise correction atmosphériquePics parasites fréquents.
MIR / ATR-FTIRBaseline curvature / rubber-band residualDiffusion, contact, dérive baselineTrès utile avant PCA.
MIR / ATR-FTIRPeak position shiftMauvais alignement spectral / calibrationImportant en FTIR car de petits shifts comptent.
MIR / ATR-FTIRBand area ratios sur bandes connuesSpectre chimiquement incohérentÀ adapter par matrice: polysaccharides, protéines, lipides, etc.
HS-MSTotal Ion Current (TIC), Base Peak Intensity (BPI)Injection faible, ionisation instableÉquivalent MS du niveau global spectral.
HS-MSNombre de pics détectésSpectre pauvre ou trop bruitéTrop peu = mauvais signal; trop = bruit/contamination.
HS-MSMass accuracy / m/z driftProblème calibration masseFondamental en HRMS.
HS-MSRetention time drift si LC/GC-MSDérive chromatographiqueÀ suivre sur standards/QC pools.
HS-MSBlank contamination scoreContaminants / carry-overComparer échantillons vs blancs.
HS-MSInternal standard CVVariabilité instrumentaleTrès robuste si standards disponibles.
HS-MSMissingness par featureInstabilité de détectionCrucial pour filtrer les variables.
Avec répétitionsRMS intra-échantillonRépétabilité globaleApplicable à toutes les technologies.
Avec répétitionsSAM / corrélation intra-échantillonRépétabilité de formeTrès utile pour spectres.
Avec répétitionsCV intra-échantillon par bande / featureRépétabilité localeDétecte les zones instables.
Avec répétitionsICC ou variance componentsPart variance échantillon vs techniqueTrès utile si plusieurs répétitions par sample.
Avec répétitionsDistance au centroïde intra-IDRépétition aberrantePermet de flagger la mauvaise répétition plutôt que le sample entier.
Bug-hunting / supervised audits
Famille de bug potentielMéthodes à ajouterCe que ça détecteÉtat dans l’explorateur
Shift spectral globalCorrélation spectre moyen inter-dataset, DTW, cross-correlation, comparaison positions de picsDécalage en longueur d'onde, mauvais alignement, interpolation différentePartiellement calculé: cross-correlation lag et dispersion des positions de pics vs spectre moyen.
Baseline / offset / gainRégression chaque spectre vs spectre moyen: x = a + b ref + residual; suivi de a, b, RMS résiduelOffset additif, effet multiplicatif, dérive de baselineCalculé dans reference.affine_*.
Mélange de lignes / mauvais appariement X-M-YVérification index, hash des lignes, duplication ID, distance spectrale intra-ID, labels incohérentsLignes mélangées, metadata mal alignées, Y attribué au mauvais spectrePartiellement couvert par répétabilité intra-ID; checks index/hash à ajouter au pipeline canonical.
Fuite d'information / répétitions mal splitéesGroupKFold par sample_id vs StratifiedKFold random; audit des partitions par sample_idPerformance artificiellement bonne due aux répétitionsNécessite splits et benchmark modèle; non calculé par la carte descriptive.
Label bugsÉchantillons proches en X mais Y différents, confident learning, erreurs systématiques FP/FNY inversés, erreurs de saisie, classes ambiguësNécessite Y et/ou modèle; recommandé pour l'explorateur supervisé.
Sous-domaines cachésPCA/UMAP/t-SNE + clustering non supervisé + association avec dataset/Y/date/operatorLots, campagnes, sondes, backgrounds non renseignésPartiellement calculé par structure PCA/LOF; UMAP/t-SNE hors carte statique.
Artefacts localisés inconnusCarte wavelength x dataset: différence moyenne, différence variance, KS par longueur d'ondeRégions spectrales anormales non anticipéesÀ calculer au niveau banque quand plusieurs datasets partagent un axe spectral.
Ruptures instrumentalesDiscontinuités dans dérivées, changepoint detectionSplice, raccord détecteur, saut local non prévuCalculé par jump/spike rates; changepoint plus avancé à ajouter.
Mélange / contamination spectraleNMF / unmixing / reconstruction par convex hullComposante externe: fond, plastique, solNon calculé automatiquement; nécessite hypothèses de composants ou grande bibliothèque.
Features instables mais prédictivesImportance modèle vs instabilité QC par variableModèle qui apprend un artefact plutôt qu'un signal biologiqueNécessite modèle supervisé; recommandé pour rapports de benchmark.

Variables

Targets 4

mineral_name

target · categorical
n / missing15 / 0
Classes15
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classDugganite (1)

chemical_formula_sum

target · categorical
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Classes15
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classAs6 O18 Pb3 Te Zn3 (1)

compound_source

target · categorical
n / missing15 / 0
Classes15
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Imbalance ratio1
Top classR060498 (1)

rod_database_code

target · categorical
n / missing15 / 0
Classes15
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Imbalance ratio1
Top class1000241 (1)

Metadata 5

chemical_name_mineral

metadata · categorical
n / missing15 / 0
Classes15
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classDugganite (1)

chemical_compound_source

metadata · categorical
n / missing15 / 0
Classes15
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classR060498 (1)

publ_section_title

metadata · categorical
n / missing15 / 0
Classes15
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classThe crystal structure of dugganite, Pb3Zn3TeAs2O14 (1)

journal_paper_doi

metadata · categorical
n / missing15 / 9
Classes6
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top class10.3749/canmin.49.3.865 (1)

journal_year

metadata · numeric
journal_year distribution0121,964 – 1,966: 11,966 – 1,968: 01,968 – 1,970: 11,970 – 1,972: 11,972 – 1,974: 11,974 – 1,976: 11,976 – 1,978: 01,978 – 1,980: 01,980 – 1,982: 01,982 – 1,984: 01,984 – 1,986: 11,986 – 1,988: 01,988 – 1,990: 01,990 – 1,992: 01,992 – 1,994: 01,994 – 1,996: 11,996 – 1,998: 21,998 – 2,000: 12,000 – 2,002: 02,002 – 2,004: 22,004 – 2,006: 12,006 – 2,008: 02,008 – 2,010: 02,010 – 2,012: 21,9601,9802,0002,020
n / missing15 / 0
Mean ± SD1990 ± 16.3
Median1,996
Range1,964 – 2,012
CV0.00818
Skew / kurtosis-0.35 / -1.4
Normal?yes
Constant metadata 9
  • axis_digest4efbe55b7913edc6
  • axis_unitcm^-1
  • axis_min89.78
  • axis_max1302
  • n_points_original2,515
  • spectroscopy_typeRaman
  • axis_statusreal_common_axis_subset
  • interpolation_appliedfalse
  • chemical_formula_structuralCa(CO3)

7 variable(s) omitted (no recorded values).

Alignment

Alignment levelobservation
Sample id availableyes
Samples15
Observations (total)15
Reps per samplemin 1 · mean 1 · max 1

Provenance & citation

ContributorRaman Open Database
Origin · url [open]https://solsa.crystallography.net/rod/
Origin · script [manual]source_to_standard.py — standardization script (maintainer-only)

Governance & integrity

Tierpublic
LicenseCC0-1.0
Permitted useResearch and benchmarking.
Access policyOpen per source license.
RedistributionROD states that all data and the database are CC0/public domain. Users should acknowledge the original authors of the structural data.
Content version1.0.0
Schema / protocol2.0
Content hashcb26275c6f92b73b…
Processing hash7e46fd034c4f4bcd…
Metadata hashdf52b43892e6c354…

Load this dataset

# pip install nirs4all-datasets
from nirs4all_datasets import get

ds = get("rod_raman_native_axis_2515points_4efbe55b")            # DOI-pinned, checksum-verified, cached
X, y = ds.x(), ds.y()
print(X.shape, y.shape)
card.jsoncroissant.jsonIdentity metadata only — the dataset bytes live at the origin / DOI.