← Back to the catalog
Publicraw reproducible

ROD Raman native-axis 3528-point mineral subset 0d479baa

rod · Raman

ROD Raman native-axis 3528-point mineral subset 0d479baa. v2.0 standardized NIRS package: 1 spectral source(s), 4 declared target(s). Auto-generated from dataset_card.json (verify before publication).

nirv2rod
17
samples
3,528
wavelengths
1
sources
4
targets
21
metadata
Raman
family

Dataset property explorer

Mean profile risk0.63
Highest axisArtefacts locaux · 1.00
Diagnostics8
Sources profiled1
ROD Raman native-axis 3528-point mineral subset 0d479baa property profile0.250.50.751integritynoiseartefactsbaselinePCA outliersreferencerepeatabilitystructureROD Raman native-axis 3528-point mineral subset 0d479baa profileintegrity: 0.00noise: 0.00artefacts: 1.00baseline: 1.00PCA outliers: 1.00reference: 1.00repeatability: 0.00structure: 1.00ROD Raman nativ…0 center · 1 outer ring · outward = stronger anomaly / heterogeneity signal

Profile axes

Intégrité0.00
Artefacts locaux1.00
Bruit0.00
Outliers PCA1.00
Distance à la référence1.00
Répétabilité0.00
Baseline / forme1.00
Structure multi-régimes1.00
Diagnostic hypotheses00.250.50.751hypothesis scoreSplice / raccord détecteursSplice / raccord détecteurs: 0.940.94Erreur calibration / référenc…Erreur calibration / référence blanche: 0.880.88Fond différentFond différent: 0.830.83Signature VERA25-likeSignature VERA25-like: 0.790.79Erreur interpolation / réécha…Erreur interpolation / rééchantillonnage: 0.780.78Spectre hors domaine valideSpectre hors domaine valide: 0.740.74Dataset multi-régimesDataset multi-régimes: 0.720.72Différence de sonde / géométr…Différence de sonde / géométrie: 0.720.72
DiagnosticScoreForceSignauxInterprétation probable
Splice / raccord détecteursX0.94fortePCA Q 1.00, Spike rate 1.00, Jump rate 1.00Rupture aux jonctions de détecteurs, calibration locale ou sonde différente.
Erreur calibration / référence blancheX0.88fortePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Baseline/mean/area 1.00Décalage systématique entre campagnes, instruments ou référence blanche.
Fond différentX0.83fortePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Baseline/mean/area 1.00Effet systématique du support, blanc/noir, transflectance ou environnement de mesure.
Signature VERA25-likeX0.79fortePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Spike rate 1.00Combinaison possible changement de sonde + splice, amplifiée par géométrie, fond ou calibration.
Erreur interpolation / rééchantillonnageX0.78fortePCA Q 1.00, Spike rate 1.00, Jump rate 1.00Artefacts numériques ou traitement spectral incorrect.
Spectre hors domaine valideX0.74forteMahalanobis / T2 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Structure PCA 1.00Variété, espèce, lot ou condition différente mais physiquement plausible.
Dataset multi-régimesX0.72forteStructure PCA 1.00, RMS/SAM référence 1.00, PCA Q 1.00Mélange de campagnes, opérateurs, lots, setups ou sous-populations spectrales.
Différence de sonde / géométrieX0.72moyennePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Baseline/mean/area 1.00Modification de l'illumination, collecte, angle ou distance sonde-échantillon.

Spectral sources

ROD native Raman axis group

X · Raman · ROD source metadata, not consistently specified
ROD native Raman axis group spectra-5,00005,00010,00015,00001,0002,0003,0004,000q05-q95 envelopeq25-q75 envelopemedian spectrummedianq25–q75q05–q95wavelength / cm-199.169cm-1 — median 375.9 (q25–q75 61.24–684.5)123.28cm-1 — median 172.1 (q25–q75 38.96–481)148.35cm-1 — median 88.24 (q25–q75 51.73–707.5)172.45cm-1 — median 71.93 (q25–q75 16.3–273.3)196.56cm-1 — median 59.39 (q25–q75 26.68–186.5)221.63cm-1 — median 56.74 (q25–q75 26.09–130.3)245.73cm-1 — median 49.22 (q25–q75 26.24–138.2)270.8cm-1 — median 63.76 (q25–q75 14.19–129)294.91cm-1 — median 28.05 (q25–q75 11.92–133.2)319.01cm-1 — median 36.96 (q25–q75 9.653–94.7)344.08cm-1 — median 36.62 (q25–q75 13.97–389)368.19cm-1 — median 41.49 (q25–q75 10.2–124.1)392.3cm-1 — median 50.03 (q25–q75 29.38–84.77)417.37cm-1 — median 54.72 (q25–q75 20.62–133.8)441.47cm-1 — median 37.91 (q25–q75 14.84–90.2)466.54cm-1 — median 21.73 (q25–q75 2.463–60.06)490.65cm-1 — median 27.51 (q25–q75 6.113–71.46)514.75cm-1 — median 27.02 (q25–q75 11.64–54.66)539.82cm-1 — median 35.35 (q25–q75 14.27–124.7)563.93cm-1 — median 36.33 (q25–q75 13.52–103.1)588.04cm-1 — median 20.41 (q25–q75 6.523–58.16)613.11cm-1 — median 19.44 (q25–q75 7.712–53.65)637.21cm-1 — median 15.81 (q25–q75 4.111–72.19)662.28cm-1 — median 12.83 (q25–q75 7.819–53.7)686.39cm-1 — median 20.28 (q25–q75 6.254–78.71)710.49cm-1 — median 10.7 (q25–q75 6.128–54.33)735.56cm-1 — median 10.68 (q25–q75 6.528–43.89)759.67cm-1 — median 16.4 (q25–q75 7.858–34.55)783.78cm-1 — median 15.63 (q25–q75 6.887–27.47)808.85cm-1 — median 24.29 (q25–q75 8.611–37.43)832.95cm-1 — median 17.17 (q25–q75 6.68–43.48)858.02cm-1 — median 18.98 (q25–q75 1.742–59.32)882.13cm-1 — median 23.35 (q25–q75 6.143–72.61)906.23cm-1 — median 20.41 (q25–q75 6.763–81.13)931.3cm-1 — median 21.81 (q25–q75 1.35–111)955.41cm-1 — median 24.68 (q25–q75 1.798–135.5)979.51cm-1 — median 43.74 (q25–q75 9.49–97.99)1004.6cm-1 — median 71.86 (q25–q75 14.36–303.8)1028.7cm-1 — median 33.59 (q25–q75 9.36–163.1)1053.8cm-1 — median 41.76 (q25–q75 20.97–204.6)1077.9cm-1 — median 32.06 (q25–q75 14.56–227.1)1102cm-1 — median 32.28 (q25–q75 4.699–93.66)1127cm-1 — median 33.71 (q25–q75 4.59–81.53)1151.1cm-1 — median 24.64 (q25–q75 1.456–101.6)1175.3cm-1 — median 15.84 (q25–q75 -3.604–50.36)1200.3cm-1 — median 10.39 (q25–q75 -0.7424–40.9)1224.4cm-1 — median 10.04 (q25–q75 -0.4196–22.28)1249.5cm-1 — median 13.34 (q25–q75 0.02327–44.19)1273.6cm-1 — median 8.749 (q25–q75 -3.303–29.91)1297.7cm-1 — median 14.41 (q25–q75 0.1482–25.95)1322.8cm-1 — median 6.677 (q25–q75 -3.006–19.42)1346.9cm-1 — median 3.405 (q25–q75 -2.174–29.65)1371cm-1 — median 2.766 (q25–q75 -2.122–19.48)1396.1cm-1 — median 2.586 (q25–q75 -0.1815–15.77)1420.2cm-1 — median 1.208 (q25–q75 -2.214–6.947)1445.2cm-1 — median 0.3727 (q25–q75 -2.591–15.4)1469.3cm-1 — median 0.006274 (q25–q75 -1.887–4.55)1493.5cm-1 — median 0.9745 (q25–q75 -2.051–5.545)1518.5cm-1 — median 0.8302 (q25–q75 -2.437–3.662)1542.6cm-1 — median 1.612 (q25–q75 -1.117–3.753)1566.7cm-1 — median 0.8338 (q25–q75 -2.331–1.807)1591.8cm-1 — median 3.272 (q25–q75 -1.398–9.867)1615.9cm-1 — median 7.171 (q25–q75 -2.494–10.85)1641cm-1 — median 7.069 (q25–q75 -2.31–12.78)1665.1cm-1 — median 5.031 (q25–q75 -1.293–15.11)1689.2cm-1 — median 4.727 (q25–q75 -3.211–9.964)1714.3cm-1 — median 3.714 (q25–q75 -3.189–8.406)1738.4cm-1 — median 1.769 (q25–q75 -1.482–8.451)1762.5cm-1 — median 3.874 (q25–q75 0.3392–6.652)1787.5cm-1 — median 3.375 (q25–q75 1.347–9.766)1811.6cm-1 — median 1.214 (q25–q75 -1.918–7.079)1836.7cm-1 — median 2.061 (q25–q75 -0.4826–8.096)1860.8cm-1 — median 2.185 (q25–q75 -0.9842–8.815)1884.9cm-1 — median 1.493 (q25–q75 -1.095–8.762)1,910cm-1 — median 2.156 (q25–q75 -0.008142–12)1934.1cm-1 — median 0.9821 (q25–q75 -1.666–12.35)1958.2cm-1 — median 4.815 (q25–q75 -0.3955–13.28)1983.3cm-1 — median 5.649 (q25–q75 -0.00354–12.56)2007.4cm-1 — median 6.717 (q25–q75 0.1914–12.29)2032.5cm-1 — median 11.82 (q25–q75 0.4269–15.05)2056.6cm-1 — median 14.3 (q25–q75 -1.221–20.18)2080.7cm-1 — median 13.81 (q25–q75 2.342–27.4)2105.7cm-1 — median 13.91 (q25–q75 1.222–25.52)2129.8cm-1 — median 11.82 (q25–q75 0.4826–23.1)2153.9cm-1 — median 14.68 (q25–q75 1.147–22.51)2179cm-1 — median 12.68 (q25–q75 0.6993–19.03)2203.1cm-1 — median 12.98 (q25–q75 1.366–16.97)2228.2cm-1 — median 11.15 (q25–q75 -0.3637–15.59)2252.3cm-1 — median 12.55 (q25–q75 -0.02281–14.97)2276.4cm-1 — median 12.55 (q25–q75 -0.2528–15.92)2301.5cm-1 — median 13.49 (q25–q75 1.355–16.37)2325.6cm-1 — median 12.52 (q25–q75 0.9086–16.7)2349.7cm-1 — median 9.52 (q25–q75 -0.1757–11.87)2374.8cm-1 — median 9.499 (q25–q75 0.273–11.08)2398.9cm-1 — median 8.148 (q25–q75 -1.223–9.904)2423.9cm-1 — median 6.375 (q25–q75 -0.303–11.2)2448cm-1 — median 3.561 (q25–q75 -1.077–9.385)2472.1cm-1 — median 2.316 (q25–q75 -1.998–8.087)2497.2cm-1 — median 2.151 (q25–q75 -0.7101–8.229)2521.3cm-1 — median 0.9758 (q25–q75 -0.671–7.547)2545.4cm-1 — median 0.3724 (q25–q75 -2.125–6.132)2570.5cm-1 — median 0.5083 (q25–q75 -2.619–4.681)2594.6cm-1 — median 0.4173 (q25–q75 -1.649–3.547)2619.7cm-1 — median 2.305 (q25–q75 -1.349–5.028)2643.8cm-1 — median -0.6942 (q25–q75 -2.33–2.101)2667.9cm-1 — median -0.5577 (q25–q75 -2.564–2.307)2693cm-1 — median 1.586 (q25–q75 -0.4708–3.898)2717.1cm-1 — median 0.7202 (q25–q75 -1.275–5.108)2741.2cm-1 — median 0.8138 (q25–q75 -1.335–2.32)2766.2cm-1 — median -0.504 (q25–q75 -1.625–0.1753)2790.3cm-1 — median 0.05026 (q25–q75 -1.215–1.219)2815.4cm-1 — median 2.53 (q25–q75 1.382–4.81)2839.5cm-1 — median 2.37 (q25–q75 -2.495–8.237)2863.6cm-1 — median 1.225 (q25–q75 -1.392–6.6)2888.7cm-1 — median 2.586 (q25–q75 -1.862–5.827)2912.8cm-1 — median 3.149 (q25–q75 -1.954–6.733)2936.9cm-1 — median 2.848 (q25–q75 -1.713–9.712)2962cm-1 — median 4.779 (q25–q75 -0.5379–9.518)2986.1cm-1 — median 2.514 (q25–q75 -1.109–11.33)3011.2cm-1 — median 1.914 (q25–q75 -1.612–12.53)3035.3cm-1 — median 2.566 (q25–q75 -2.624–14.18)3059.4cm-1 — median 4.587 (q25–q75 -1.568–17.83)3084.4cm-1 — median 3.038 (q25–q75 -1.647–19.5)3108.5cm-1 — median 0.6713 (q25–q75 -3.673–19.8)3132.6cm-1 — median 6.256 (q25–q75 -0.3478–26.08)3157.7cm-1 — median 7.056 (q25–q75 -0.3008–28.58)3181.8cm-1 — median 0.1204 (q25–q75 -4.142–28.19)3206.9cm-1 — median 9.263 (q25–q75 -0.7165–30.03)3231cm-1 — median 9.611 (q25–q75 -3.737–28.49)3255.1cm-1 — median 1.593 (q25–q75 -1.434–30.98)3280.2cm-1 — median 1.192 (q25–q75 -1.993–29.28)3304.3cm-1 — median -0.2145 (q25–q75 -3.537–27.89)3328.4cm-1 — median 2.383 (q25–q75 -2.675–26.96)3353.5cm-1 — median -0.5566 (q25–q75 -4.063–28.25)3377.6cm-1 — median 3.425 (q25–q75 -1.295–29.54)3402.6cm-1 — median 2.624 (q25–q75 -1.696–30.8)3426.7cm-1 — median 12.03 (q25–q75 -2.089–27.73)3450.8cm-1 — median 11.28 (q25–q75 -3.047–23.76)3475.9cm-1 — median 11.02 (q25–q75 -3.161–35.13)3500cm-1 — median 12.05 (q25–q75 -4.133–25.25)

Sampling

Wavelengths3,528
Axis range99.17–3500 cm-1
Mean spacing0.964 cm-1
Griduniform
Observations17

Signal & quality

Value range-113 – 2.96e+04
Mean range-0.897 – 2.61e+03
Mean level89.77
Area3.045e+05
PTP2616
Noise RMS0.32498
SNR2.9e+02
SNR dB5e+01 dB
Dynamic range2.62e+03
Smoothness24.55
Saturated0.0%
X-outliers5

Integrity & artefacts

NaN ratio0.00%
Inf count0
Zero ratio0.00%
Spike count1,235
Spike rate2.06%
Jump count2,668
Jump rate4.45%
Clip fraction0.00%

Shape & reference

Baseline slope-210.32
Curvature RMS6.1856
D1 RMS14.74
RMS to mean232.93
RMS p951386.4
SAM to mean1.2118
SAM p951.3943
Affine offset p95340.15
Affine gain p95 Δ5.2026
Affine residual p95783.07
Xcorr lag p9550

Outliers & repeatability

PCA Q p95/median8.2
Hotelling T2 p95/median23
Mahalanobis H p95/median4.8
Repeat groups0

Dimensionality (PCA)

Effective rank3.5
PCs → 95% var5
PCs → 99% var8
Top-10 cum. var99.5%
Computed metric scores 29worst 1.00
FamilleMétrique calculéeValeurScoreNiveauInterprétation datasetCauses typiquesCalcul / scoring
Intégrité des donnéesNaN ratiointegrity.nan_ratio0%0.00faibleSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countintegrity.inf_count00.00faibleNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratiointegrity.zero_ratio0%0.00faibleNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceamplitude.mean_reflectance89.7731.00fortValeur atypique: Trop clair / fond visible ou Trop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveamplitude.area_under_curve3.0448e+051.00fortValeur atypique: Différence d'éclairement ou NormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)amplitude.peak_to_peak2615.50.00faibleVariabilité forteSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceamplitude.variance3.4452e+050.00faibleNormal ou hétérogèneMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSnoise.noise_rms0.324980.00faibleStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRnoise.snr289.360.00faibleBon signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRnoise.bandwise_snr_min0.0273781.00fortZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countartefacts.spike_count1,2351.00fortArtefactsCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateartefacts.spike_rate2.06%1.00fortSpectre suspectInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countartefacts.jump_count2,6681.00fortRaccord détecteurSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateartefacts.jump_rate4.45%1.00fortProblème spectralCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionartefacts.clip_fraction0.00333%0.00faibleNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopeshape.baseline_slope-210.320.16faibleStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSshape.curvature_rms6.18560.24faibleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSshape.d1_rms14.740.11faiblePlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)outliers.pca_q_ratio8.18481.00fortSpectre atypiqueArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²outliers.hotelling_t2_ratio22.9921.00fortExtrême mais cohérentVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis Houtliers.mahalanobis_h_ratio4.7951.00fortOutlier globalDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumreference.rms_to_mean_spectrum_p951386.41.00fortSpectre différentDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)reference.sam_to_mean_spectrum_p951.39431.00fortForme différenteFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDrepeatability.rms_intra_id—0.00faibleStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDrepeatability.sam_intra_id—0.00faibleStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDrepeatability.cv_intra_id—0.00faibleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densitystructure.pca_score_density0.000271561.00fortSous-populationsLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)structure.local_outlier_factor_p9524.1531.00fortSpectre isoléCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scorestructure.isolation_forest_score_p950.625891.00fortSpectre atypiqueDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
X PCA score plot-25,000025,00050,00075,000-50,000-25,000025,00050,000PC1 -9967 · PC2 2262PC1 -582 · PC2 -9281PC1 -1.019e+04 · PC2 1029PC1 -8313 · PC2 -1881PC1 -1.083e+04 · PC2 1513PC1 -6041 · PC2 -2933PC1 -1.122e+04 · PC2 1731PC1 -8903 · PC2 -722.3PC1 -1.069e+04 · PC2 575.2PC1 -1.151e+04 · PC2 1632PC1 -1.09e+04 · PC2 1455PC1 -1.099e+04 · PC2 1202PC1 7.138e+04 · PC2 -4.186e+04PC1 -1.081e+04 · PC2 128.2PC1 -8533 · PC2 -1069PC1 6.913e+04 · PC2 4.45e+04PC1 -1.102e+04 · PC2 1714PC1 (61.6%)PC2 (21.0%)17 scores
PCA explained variance0%25%50%75%100%PC1: 61.6% (cumulative 61.6%)1PC2: 21.0% (cumulative 82.6%)2PC3: 5.4% (cumulative 88.0%)3PC4: 4.5% (cumulative 92.5%)4PC5: 2.9% (cumulative 95.3%)5PC6: 1.9% (cumulative 97.3%)6PC7: 1.2% (cumulative 98.5%)7PC8: 0.6% (cumulative 99.0%)8PC9: 0.2% (cumulative 99.3%)9PC10: 0.2% (cumulative 99.5%)10cumulative explained variancePC variancecumulativeprincipal component · cumulative (dashed)

Metric interpretation reference

Metric catalog 29
FamilleMétriqueCe qu’elle détecteForte valeur =Faible valeur =Causes typiquesCalcul / score
Intégrité des donnéesNaN ratioDonnées manquantesSpectre corrompuSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countValeurs infiniesCorruptionNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratioColonnes ou cellules nullesSpectre tronquéNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceNiveau moyenTrop clair / fond visibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveIntensité globaleDifférence d'éclairementNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)DynamiqueVariabilité forteSpectre platSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceVariabilité spectraleNormal ou hétérogèneSpectre platMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSBruit haute fréquenceBruitéStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRQualité signalBon signalMauvais signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRBruit localiséZone fiableZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countPics étroitsArtefactsSpectre propreCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateDensité de picsSpectre suspectNormalInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countDiscontinuitésRaccord détecteurContinuSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateFréquence de sautsProblème spectralNormalCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionSaturationClippingNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopePente globaleDériveStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSCourbureForme inhabituelleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSVariabilité localeSpectre structuréPlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)Non expliqué par PCASpectre atypiqueConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²Extrême dans PCAExtrême mais cohérentCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis HDistance au nuageOutlier globalPopulation normaleDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumDistance moyenneSpectre différentTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)Différence de formeForme différenteSimilaireFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDReproductibilitéMauvaise répétabilitéStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDVariation de formeInstableStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDVariabilité interneMauvais contrôleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densityClustersSous-populationsHomogèneLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)Anomalie localeSpectre isoléPopulation normaleCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scoreAnomalie globaleSpectre atypiqueNormalDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
Technology-specific extensions
TechnologieAdaptations / métriquesAnomalies cibléesCommentaire pratique
UV-Vis 300-1000 nmBaseline, pente globale, dérive aux bords 300-350 et 900-1000; métriques par zonesLumière parasite, mauvais blanc, saturation, faible signal aux extrémitésLes bords sont souvent instables; calculer aussi des scores edge/middle.
UV-Vis 300-1000 nmSaturation / clipping proche absorbance max ou réflectance maxSignal écrêtéTrès important si absorption forte.
UV-Vis 300-1000 nmRed-edge, position de maximum, ratios de bandes si végétalDécalage biologique ou artefact optiqueAide à distinguer changement réel et problème d'acquisition.
UV-Vis 300-1000 nmSmoothness / roughness indexBruit haute fréquenceSouvent plus informatif que le SNR seul.
MIR / ATR-FTIRATR contact quality index: intensité globale, aire totale, profondeur des bandes clésMauvais contact cristal-échantillonCrucial: beaucoup d'anomalies viennent du contact ATR.
MIR / ATR-FTIRCO2 / H2O atmospheric bandsMauvaise correction atmosphériquePics parasites fréquents.
MIR / ATR-FTIRBaseline curvature / rubber-band residualDiffusion, contact, dérive baselineTrès utile avant PCA.
MIR / ATR-FTIRPeak position shiftMauvais alignement spectral / calibrationImportant en FTIR car de petits shifts comptent.
MIR / ATR-FTIRBand area ratios sur bandes connuesSpectre chimiquement incohérentÀ adapter par matrice: polysaccharides, protéines, lipides, etc.
HS-MSTotal Ion Current (TIC), Base Peak Intensity (BPI)Injection faible, ionisation instableÉquivalent MS du niveau global spectral.
HS-MSNombre de pics détectésSpectre pauvre ou trop bruitéTrop peu = mauvais signal; trop = bruit/contamination.
HS-MSMass accuracy / m/z driftProblème calibration masseFondamental en HRMS.
HS-MSRetention time drift si LC/GC-MSDérive chromatographiqueÀ suivre sur standards/QC pools.
HS-MSBlank contamination scoreContaminants / carry-overComparer échantillons vs blancs.
HS-MSInternal standard CVVariabilité instrumentaleTrès robuste si standards disponibles.
HS-MSMissingness par featureInstabilité de détectionCrucial pour filtrer les variables.
Avec répétitionsRMS intra-échantillonRépétabilité globaleApplicable à toutes les technologies.
Avec répétitionsSAM / corrélation intra-échantillonRépétabilité de formeTrès utile pour spectres.
Avec répétitionsCV intra-échantillon par bande / featureRépétabilité localeDétecte les zones instables.
Avec répétitionsICC ou variance componentsPart variance échantillon vs techniqueTrès utile si plusieurs répétitions par sample.
Avec répétitionsDistance au centroïde intra-IDRépétition aberrantePermet de flagger la mauvaise répétition plutôt que le sample entier.
Bug-hunting / supervised audits
Famille de bug potentielMéthodes à ajouterCe que ça détecteÉtat dans l’explorateur
Shift spectral globalCorrélation spectre moyen inter-dataset, DTW, cross-correlation, comparaison positions de picsDécalage en longueur d'onde, mauvais alignement, interpolation différentePartiellement calculé: cross-correlation lag et dispersion des positions de pics vs spectre moyen.
Baseline / offset / gainRégression chaque spectre vs spectre moyen: x = a + b ref + residual; suivi de a, b, RMS résiduelOffset additif, effet multiplicatif, dérive de baselineCalculé dans reference.affine_*.
Mélange de lignes / mauvais appariement X-M-YVérification index, hash des lignes, duplication ID, distance spectrale intra-ID, labels incohérentsLignes mélangées, metadata mal alignées, Y attribué au mauvais spectrePartiellement couvert par répétabilité intra-ID; checks index/hash à ajouter au pipeline canonical.
Fuite d'information / répétitions mal splitéesGroupKFold par sample_id vs StratifiedKFold random; audit des partitions par sample_idPerformance artificiellement bonne due aux répétitionsNécessite splits et benchmark modèle; non calculé par la carte descriptive.
Label bugsÉchantillons proches en X mais Y différents, confident learning, erreurs systématiques FP/FNY inversés, erreurs de saisie, classes ambiguësNécessite Y et/ou modèle; recommandé pour l'explorateur supervisé.
Sous-domaines cachésPCA/UMAP/t-SNE + clustering non supervisé + association avec dataset/Y/date/operatorLots, campagnes, sondes, backgrounds non renseignésPartiellement calculé par structure PCA/LOF; UMAP/t-SNE hors carte statique.
Artefacts localisés inconnusCarte wavelength x dataset: différence moyenne, différence variance, KS par longueur d'ondeRégions spectrales anormales non anticipéesÀ calculer au niveau banque quand plusieurs datasets partagent un axe spectral.
Ruptures instrumentalesDiscontinuités dans dérivées, changepoint detectionSplice, raccord détecteur, saut local non prévuCalculé par jump/spike rates; changepoint plus avancé à ajouter.
Mélange / contamination spectraleNMF / unmixing / reconstruction par convex hullComposante externe: fond, plastique, solNon calculé automatiquement; nécessite hypothèses de composants ou grande bibliothèque.
Features instables mais prédictivesImportance modèle vs instabilité QC par variableModèle qui apprend un artefact plutôt qu'un signal biologiqueNécessite modèle supervisé; recommandé pour rapports de benchmark.

Variables

Targets 4

mineral_name

target · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classOtavite (1)

chemical_formula_sum

target · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classC Cd O3 (1)

compound_source

target · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classcommercial powder Alfa aesar 97% A15812 (1)

rod_database_code

target · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top class3500081 (1)

Metadata 5

chemical_name_mineral

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classOtavite (1)

chemical_name_systematic

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classOtavite (1)

chemical_formula_structural

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classC Cd O3 (1)

chemical_compound_source

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classcommercial powder Alfa aesar 97% A15812 (1)

publ_section_title

metadata · categorical
n / missing17 / 0
Classes17
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classRaman spectrum of commercial Otavite (1)
Constant metadata 9
  • axis_digest0d479baab4cbc2fc
  • axis_unitcm^-1
  • axis_min99.17
  • axis_max3500
  • n_points_original3,528
  • spectroscopy_typeRaman
  • axis_statusreal_common_axis_subset
  • interpolation_appliedfalse
  • journal_year2,017

7 variable(s) omitted (no recorded values).

Alignment

Alignment levelobservation
Sample id availableyes
Samples17
Observations (total)17
Reps per samplemin 1 · mean 1 · max 1

Provenance & citation

ContributorRaman Open Database
Origin · url [open]https://solsa.crystallography.net/rod/
Origin · script [manual]source_to_standard.py — standardization script (maintainer-only)

Governance & integrity

Tierpublic
LicenseCC0-1.0
Permitted useResearch and benchmarking.
Access policyOpen per source license.
RedistributionROD states that all data and the database are CC0/public domain. Users should acknowledge the original authors of the structural data.
Content version1.0.0
Schema / protocol2.0
Content hash6016d0e3e0faeee0…
Processing hashc80168a4726ad27b…
Metadata hash2a903296211ce835…

Load this dataset

# pip install nirs4all-datasets
from nirs4all_datasets import get

ds = get("rod_raman_native_axis_3528points_0d479baa")            # DOI-pinned, checksum-verified, cached
X, y = ds.x(), ds.y()
print(X.shape, y.shape)
card.jsoncroissant.jsonIdentity metadata only — the dataset bytes live at the origin / DOI.