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Publicraw reproducible

ROD Raman native-axis 972-point mineral subset 70adf657

rod · Raman

ROD Raman native-axis 972-point mineral subset 70adf657. v2.0 standardized NIRS package: 1 spectral source(s), 4 declared target(s). Auto-generated from dataset_card.json (verify before publication).

nirv2rod
13
samples
972
wavelengths
1
sources
4
targets
21
metadata
Raman
family

Dataset property explorer

Mean profile risk0.62
Highest axisArtefacts locaux · 1.00
Diagnostics8
Sources profiled1
ROD Raman native-axis 972-point mineral subset 70adf657 property profile0.250.50.751integritynoiseartefactsbaselinePCA outliersreferencerepeatabilitystructureROD Raman native-axis 972-point mineral subset 70adf657 profileintegrity: 0.00noise: 0.01artefacts: 1.00baseline: 0.98PCA outliers: 1.00reference: 1.00repeatability: 0.00structure: 1.00ROD Raman nativ…0 center · 1 outer ring · outward = stronger anomaly / heterogeneity signal

Profile axes

Intégrité0.00
Artefacts locaux1.00
Bruit0.01
Outliers PCA1.00
Distance à la référence1.00
Répétabilité0.00
Baseline / forme0.98
Structure multi-régimes1.00
Diagnostic hypotheses00.250.50.751hypothesis scoreSplice / raccord détecteursSplice / raccord détecteurs: 0.880.88Erreur calibration / référenc…Erreur calibration / référence blanche: 0.820.82Fond différentFond différent: 0.780.78Spectre hors domaine valideSpectre hors domaine valide: 0.740.74Signature VERA25-likeSignature VERA25-like: 0.720.72Erreur interpolation / réécha…Erreur interpolation / rééchantillonnage: 0.690.69Différence de sonde / géométr…Différence de sonde / géométrie: 0.670.67Dataset multi-régimesDataset multi-régimes: 0.670.67
DiagnosticScoreForceSignauxInterprétation probable
Splice / raccord détecteursX0.88forteSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, RMS/SAM référence 1.00Rupture aux jonctions de détecteurs, calibration locale ou sonde différente.
Erreur calibration / référence blancheX0.82forteMahalanobis / T2 1.00, RMS/SAM référence 1.00, artefacts locaux 1.00Décalage systématique entre campagnes, instruments ou référence blanche.
Fond différentX0.78forteMahalanobis / T2 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Baseline/mean/area 0.98Effet systématique du support, blanc/noir, transflectance ou environnement de mesure.
Spectre hors domaine valideX0.74forteMahalanobis / T2 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Structure PCA 1.00Variété, espèce, lot ou condition différente mais physiquement plausible.
Signature VERA25-likeX0.72forteMahalanobis / T2 1.00, Spike rate 1.00, Jump rate 1.00Combinaison possible changement de sonde + splice, amplifiée par géométrie, fond ou calibration.
Erreur interpolation / rééchantillonnageX0.69moyenneSpike rate 1.00, Jump rate 1.00, Noise RMS faible 0.99Artefacts numériques ou traitement spectral incorrect.
Différence de sonde / géométrieX0.67moyenneMahalanobis / T2 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Baseline/mean/area 0.98Modification de l'illumination, collecte, angle ou distance sonde-échantillon.
Dataset multi-régimesX0.67moyenneStructure PCA 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Mahalanobis / T2 1.00Mélange de campagnes, opérateurs, lots, setups ou sous-populations spectrales.

Spectral sources

ROD native Raman axis group

X · Raman · ROD source metadata, not consistently specified
ROD native Raman axis group spectra010,00020,00030,00040,00005001,0001,5002,000q05-q95 envelopeq25-q75 envelopemedian spectrummedianq25–q75q05–q95wavelength / cm-1102.31cm-1 — median 1332 (q25–q75 391.8–8514)117.99cm-1 — median 1363 (q25–q75 493.9–6565)133.65cm-1 — median 1,905 (q25–q75 572.1–4,331)149.27cm-1 — median 1710 (q25–q75 606.4–2899)164.86cm-1 — median 897 (q25–q75 534.9–4350)180.42cm-1 — median 843 (q25–q75 425.3–2901)195.94cm-1 — median 712.1 (q25–q75 436.9–2558)211.44cm-1 — median 770.9 (q25–q75 510.1–1672)226.9cm-1 — median 816 (q25–q75 366–1811)242.32cm-1 — median 567.2 (q25–q75 271–2034)257.71cm-1 — median 755.5 (q25–q75 233.1–3175)273.08cm-1 — median 772.8 (q25–q75 254.1–2419)288.41cm-1 — median 827.4 (q25–q75 481.3–1330)303.7cm-1 — median 983.8 (q25–q75 458.3–2026)318.97cm-1 — median 979.7 (q25–q75 366.6–2507)334.2cm-1 — median 893.3 (q25–q75 355.1–1816)349.41cm-1 — median 896.1 (q25–q75 355.4–2637)364.58cm-1 — median 777 (q25–q75 363.6–3898)379.72cm-1 — median 625.3 (q25–q75 295.3–2644)394.83cm-1 — median 486.7 (q25–q75 359.2–1,861)409.9cm-1 — median 511.2 (q25–q75 429.2–1667)424.95cm-1 — median 794 (q25–q75 563.1–1818)439.96cm-1 — median 824.5 (q25–q75 497.3–1738)454.94cm-1 — median 817.9 (q25–q75 209.2–2419)469.9cm-1 — median 730.4 (q25–q75 211–2007)484.82cm-1 — median 873.2 (q25–q75 204.9–1,393)499.71cm-1 — median 538.2 (q25–q75 212.8–1,465)514.57cm-1 — median 586 (q25–q75 203–1255)529.39cm-1 — median 481 (q25–q75 202.2–1352)544.19cm-1 — median 449.2 (q25–q75 211.9–3144)558.96cm-1 — median 425.4 (q25–q75 211.3–1,375)573.7cm-1 — median 427.7 (q25–q75 199.2–1,292)588.4cm-1 — median 455.8 (q25–q75 200–1,327)603.08cm-1 — median 524.9 (q25–q75 209.3–1,272)617.72cm-1 — median 854.8 (q25–q75 199.2–1,504)630.25cm-1 — median 650.7 (q25–q75 208.3–1,318)644.85cm-1 — median 475.9 (q25–q75 197.2–1,359)659.4cm-1 — median 729.7 (q25–q75 203–1702)673.94cm-1 — median 562.1 (q25–q75 199.6–1152)688.44cm-1 — median 442.8 (q25–q75 255.7–1150)702.91cm-1 — median 402 (q25–q75 199.8–1138)717.35cm-1 — median 407.3 (q25–q75 198.7–1,681)731.76cm-1 — median 361.9 (q25–q75 199.2–1686)746.14cm-1 — median 368.3 (q25–q75 192.9–1,182)760.5cm-1 — median 362.7 (q25–q75 205.6–1,353)774.82cm-1 — median 380.1 (q25–q75 207–2080)789.12cm-1 — median 373.3 (q25–q75 203.7–1699)803.38cm-1 — median 421.1 (q25–q75 260.2–1054)817.62cm-1 — median 915.8 (q25–q75 349.9–1,758)831.83cm-1 — median 968 (q25–q75 386.2–1,848)846cm-1 — median 1007 (q25–q75 474.1–3214)860.15cm-1 — median 679.7 (q25–q75 416.1–991.2)874.27cm-1 — median 683.5 (q25–q75 261.6–1037)888.37cm-1 — median 634.5 (q25–q75 258.1–1220)902.43cm-1 — median 639 (q25–q75 216.4–1411)916.47cm-1 — median 635 (q25–q75 210.1–1221)930.48cm-1 — median 454.8 (q25–q75 249.6–1,291)944.46cm-1 — median 475.7 (q25–q75 195–1376)958.41cm-1 — median 509.1 (q25–q75 184.4–569.5)972.33cm-1 — median 338.8 (q25–q75 185.4–552.5)986.22cm-1 — median 305.9 (q25–q75 198.8–610.3)1000.1cm-1 — median 300.2 (q25–q75 184.9–802.7)1013.9cm-1 — median 265 (q25–q75 181.2–698.3)1027.7cm-1 — median 261 (q25–q75 200.1–596.7)1041.5cm-1 — median 330.2 (q25–q75 195.4–549.2)1055.3cm-1 — median 476.9 (q25–q75 234.1–790.7)1069cm-1 — median 351.2 (q25–q75 210–502)1082.7cm-1 — median 302.8 (q25–q75 195.8–983.8)1096.4cm-1 — median 273.5 (q25–q75 188.1–1195)1110cm-1 — median 252.2 (q25–q75 196.3–509.5)1123.7cm-1 — median 232.3 (q25–q75 190.9–481)1137.2cm-1 — median 222.9 (q25–q75 189.3–462)1150.8cm-1 — median 222.1 (q25–q75 195–444.6)1164.3cm-1 — median 222 (q25–q75 194.3–442)1177.8cm-1 — median 221.7 (q25–q75 192.3–453.1)1191.3cm-1 — median 222.3 (q25–q75 183.7–527.5)1204.8cm-1 — median 216.4 (q25–q75 183.1–525)1218.2cm-1 — median 225.1 (q25–q75 182.7–465.2)1231.6cm-1 — median 224.2 (q25–q75 189.3–427.4)1245cm-1 — median 199.7 (q25–q75 185–415.9)1258.3cm-1 — median 209.7 (q25–q75 182.6–407.9)1271.7cm-1 — median 198.7 (q25–q75 181.3–394.7)1285cm-1 — median 197.1 (q25–q75 178.1–400.3)1298.2cm-1 — median 192.9 (q25–q75 167.4–390.2)1311.5cm-1 — median 193.2 (q25–q75 171.9–400.8)1324.7cm-1 — median 193.8 (q25–q75 176.5–396.4)1337.9cm-1 — median 187.9 (q25–q75 172.2–391.1)1351cm-1 — median 195.3 (q25–q75 182.2–459.5)1364.2cm-1 — median 188.7 (q25–q75 174.5–451.5)1377.3cm-1 — median 186.7 (q25–q75 182–391.7)1390.4cm-1 — median 192.6 (q25–q75 179.5–393.7)1403.5cm-1 — median 187.1 (q25–q75 178.7–390.8)1416.5cm-1 — median 195.4 (q25–q75 187.1–398.7)1429.5cm-1 — median 195.1 (q25–q75 185.2–412.9)1442.5cm-1 — median 204.9 (q25–q75 187.3–416.2)1455.5cm-1 — median 210.4 (q25–q75 189.7–424)1468.4cm-1 — median 199.2 (q25–q75 180.9–434.5)1481.3cm-1 — median 192.2 (q25–q75 183.2–437)1494.2cm-1 — median 196.1 (q25–q75 175.3–444.5)1507cm-1 — median 195.6 (q25–q75 163.2–441)1519.9cm-1 — median 190.6 (q25–q75 155.2–433.6)1532.7cm-1 — median 190.5 (q25–q75 154.2–414.9)1545.5cm-1 — median 186.6 (q25–q75 148.7–407.4)1558.2cm-1 — median 179 (q25–q75 134.7–402.4)1571cm-1 — median 181.6 (q25–q75 140.6–402.1)1581.8cm-1 — median 176.6 (q25–q75 141.6–396.7)1594.5cm-1 — median 182.4 (q25–q75 140–400.6)1607.2cm-1 — median 184 (q25–q75 131.8–398.1)1619.8cm-1 — median 181 (q25–q75 126.6–401.4)1632.4cm-1 — median 183.6 (q25–q75 121.2–411)1645cm-1 — median 171.7 (q25–q75 117.3–408.3)1657.6cm-1 — median 190.7 (q25–q75 121–393.6)1670.1cm-1 — median 193.3 (q25–q75 149.5–404.3)1682.7cm-1 — median 181.2 (q25–q75 146.8–405)1695.1cm-1 — median 186.2 (q25–q75 118.8–402.1)1707.6cm-1 — median 175.6 (q25–q75 114.4–402.7)1720cm-1 — median 171.1 (q25–q75 111.8–395.3)1732.5cm-1 — median 172.1 (q25–q75 116.6–392.3)1744.9cm-1 — median 167.1 (q25–q75 118.2–387.9)1757.2cm-1 — median 170.2 (q25–q75 119.7–384.7)1769.6cm-1 — median 170.1 (q25–q75 112.2–374.9)1781.9cm-1 — median 171.1 (q25–q75 108.4–366.6)1794.2cm-1 — median 164.8 (q25–q75 106.7–364.3)1806.5cm-1 — median 165.9 (q25–q75 104.9–365.6)1818.7cm-1 — median 165.3 (q25–q75 104.4–358.7)1831cm-1 — median 168.6 (q25–q75 102.4–366.3)1843.2cm-1 — median 165.9 (q25–q75 113.2–360.8)1855.3cm-1 — median 165.6 (q25–q75 103.3–355.1)1867.5cm-1 — median 161.1 (q25–q75 106.8–344.5)1879.6cm-1 — median 163.3 (q25–q75 105.3–357)1891.8cm-1 — median 162.4 (q25–q75 102–345)1903.8cm-1 — median 164 (q25–q75 102.7–343.5)1915.9cm-1 — median 163.3 (q25–q75 105–330)1927.9cm-1 — median 159.2 (q25–q75 102.1–329.4)1940cm-1 — median 159.9 (q25–q75 105.9–338.1)1952cm-1 — median 157.8 (q25–q75 106.6–335.7)1963.9cm-1 — median 161.3 (q25–q75 108.8–326.6)1975.9cm-1 — median 160.2 (q25–q75 109.1–329.9)1987.8cm-1 — median 163.8 (q25–q75 113.2–320.8)1999.7cm-1 — median 160.7 (q25–q75 109.4–327)

Sampling

Wavelengths972
Axis range102.3–2000 cm-1
Mean spacing1.95 cm-1
Gridirregular
Observations13

Signal & quality

Value range20.5 – 4.85e+04
Mean range431 – 8.56e+03
Mean level1483
Area2.985e+06
PTP8129
Noise RMS5.3802
SNR2.8e+02
SNR dB5e+01 dB
Dynamic range8.13e+03
Smoothness262.9
Saturated0.0%
X-outliers4

Integrity & artefacts

NaN ratio0.00%
Inf count0
Zero ratio0.00%
Spike count526
Spike rate4.17%
Jump count1,224
Jump rate9.70%
Clip fraction0.02%

Shape & reference

Baseline slope-3971.6
Curvature RMS161.94
D1 RMS310.26
RMS to mean1896.9
RMS p957472.5
SAM to mean0.79992
SAM p951.3117
Affine offset p953503.9
Affine gain p95 Δ3.4108
Affine residual p954701.8
Xcorr lag p9548

Outliers & repeatability

PCA Q p95/median5.7
Hotelling T2 p95/median19
Mahalanobis H p95/median4.4
Repeat groups0

Dimensionality (PCA)

Effective rank3.1
PCs → 95% var4
PCs → 99% var7
Top-10 cum. var99.9%
Computed metric scores 29worst 1.00
FamilleMétrique calculéeValeurScoreNiveauInterprétation datasetCauses typiquesCalcul / scoring
Intégrité des donnéesNaN ratiointegrity.nan_ratio0%0.00faibleSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countintegrity.inf_count00.00faibleNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratiointegrity.zero_ratio0%0.00faibleNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceamplitude.mean_reflectance1482.90.98fortValeur atypique: Trop clair / fond visible ou Trop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveamplitude.area_under_curve2.9853e+060.98fortValeur atypique: Différence d'éclairement ou NormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)amplitude.peak_to_peak81290.00faibleVariabilité forteSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceamplitude.variance1.5707e+070.00faibleNormal ou hétérogèneMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSnoise.noise_rms5.38020.01faibleStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRnoise.snr275.620.00faibleBon signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRnoise.bandwise_snr_min44.0920.06faibleZone fiableDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countartefacts.spike_count5261.00fortArtefactsCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateartefacts.spike_rate4.17%1.00fortSpectre suspectInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countartefacts.jump_count1,2241.00fortRaccord détecteurSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateartefacts.jump_rate9.7%1.00fortProblème spectralCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionartefacts.clip_fraction0.0158%0.02faibleNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopeshape.baseline_slope-3971.60.98fortDériveÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSshape.curvature_rms161.941.00fortForme inhabituelleFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSshape.d1_rms310.260.76fortSpectre structuréBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)outliers.pca_q_ratio5.66720.71moyenSpectre atypiqueArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²outliers.hotelling_t2_ratio18.9921.00fortExtrême mais cohérentVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis Houtliers.mahalanobis_h_ratio4.3581.00fortOutlier globalDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumreference.rms_to_mean_spectrum_p957472.51.00fortSpectre différentDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)reference.sam_to_mean_spectrum_p951.31171.00fortForme différenteFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDrepeatability.rms_intra_id—0.00faibleStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDrepeatability.sam_intra_id—0.00faibleStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDrepeatability.cv_intra_id—0.00faibleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densitystructure.pca_score_density5.9468e-051.00fortSous-populationsLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)structure.local_outlier_factor_p9515.6431.00fortSpectre isoléCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scorestructure.isolation_forest_score_p950.626171.00fortSpectre atypiqueDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
X PCA score plot-100,0000100,000200,000300,000-100,0000100,000200,000PC1 -5.232e+04 · PC2 -2674PC1 2.585e+05 · PC2 -8.689e+04PC1 -4.991e+04 · PC2 -4536PC1 -5.659e+04 · PC2 -8887PC1 -5.081e+04 · PC2 -6154PC1 -3.214e+04 · PC2 -1.92e+04PC1 -2.847e+04 · PC2 -1.207e+04PC1 -4.505e+04 · PC2 -3205PC1 -5.259e+04 · PC2 -4445PC1 -3.12e+04 · PC2 -5492PC1 7.069e+04 · PC2 -3265PC1 1.184e+05 · PC2 1.654e+05PC1 -4.852e+04 · PC2 -8566PC1 (61.5%)PC2 (20.6%)13 scores
PCA explained variance0%25%50%75%100%PC1: 61.5% (cumulative 61.5%)1PC2: 20.6% (cumulative 82.1%)2PC3: 11.8% (cumulative 93.9%)3PC4: 2.8% (cumulative 96.7%)4PC5: 1.4% (cumulative 98.1%)5PC6: 0.7% (cumulative 98.9%)6PC7: 0.4% (cumulative 99.3%)7PC8: 0.3% (cumulative 99.6%)8PC9: 0.2% (cumulative 99.8%)9PC10: 0.1% (cumulative 99.9%)10cumulative explained variancePC variancecumulativeprincipal component · cumulative (dashed)

Metric interpretation reference

Metric catalog 29
FamilleMétriqueCe qu’elle détecteForte valeur =Faible valeur =Causes typiquesCalcul / score
Intégrité des donnéesNaN ratioDonnées manquantesSpectre corrompuSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countValeurs infiniesCorruptionNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratioColonnes ou cellules nullesSpectre tronquéNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceNiveau moyenTrop clair / fond visibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveIntensité globaleDifférence d'éclairementNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)DynamiqueVariabilité forteSpectre platSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceVariabilité spectraleNormal ou hétérogèneSpectre platMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSBruit haute fréquenceBruitéStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRQualité signalBon signalMauvais signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRBruit localiséZone fiableZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countPics étroitsArtefactsSpectre propreCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateDensité de picsSpectre suspectNormalInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countDiscontinuitésRaccord détecteurContinuSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateFréquence de sautsProblème spectralNormalCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionSaturationClippingNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopePente globaleDériveStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSCourbureForme inhabituelleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSVariabilité localeSpectre structuréPlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)Non expliqué par PCASpectre atypiqueConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²Extrême dans PCAExtrême mais cohérentCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis HDistance au nuageOutlier globalPopulation normaleDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumDistance moyenneSpectre différentTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)Différence de formeForme différenteSimilaireFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDReproductibilitéMauvaise répétabilitéStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDVariation de formeInstableStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDVariabilité interneMauvais contrôleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densityClustersSous-populationsHomogèneLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)Anomalie localeSpectre isoléPopulation normaleCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scoreAnomalie globaleSpectre atypiqueNormalDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
Technology-specific extensions
TechnologieAdaptations / métriquesAnomalies cibléesCommentaire pratique
UV-Vis 300-1000 nmBaseline, pente globale, dérive aux bords 300-350 et 900-1000; métriques par zonesLumière parasite, mauvais blanc, saturation, faible signal aux extrémitésLes bords sont souvent instables; calculer aussi des scores edge/middle.
UV-Vis 300-1000 nmSaturation / clipping proche absorbance max ou réflectance maxSignal écrêtéTrès important si absorption forte.
UV-Vis 300-1000 nmRed-edge, position de maximum, ratios de bandes si végétalDécalage biologique ou artefact optiqueAide à distinguer changement réel et problème d'acquisition.
UV-Vis 300-1000 nmSmoothness / roughness indexBruit haute fréquenceSouvent plus informatif que le SNR seul.
MIR / ATR-FTIRATR contact quality index: intensité globale, aire totale, profondeur des bandes clésMauvais contact cristal-échantillonCrucial: beaucoup d'anomalies viennent du contact ATR.
MIR / ATR-FTIRCO2 / H2O atmospheric bandsMauvaise correction atmosphériquePics parasites fréquents.
MIR / ATR-FTIRBaseline curvature / rubber-band residualDiffusion, contact, dérive baselineTrès utile avant PCA.
MIR / ATR-FTIRPeak position shiftMauvais alignement spectral / calibrationImportant en FTIR car de petits shifts comptent.
MIR / ATR-FTIRBand area ratios sur bandes connuesSpectre chimiquement incohérentÀ adapter par matrice: polysaccharides, protéines, lipides, etc.
HS-MSTotal Ion Current (TIC), Base Peak Intensity (BPI)Injection faible, ionisation instableÉquivalent MS du niveau global spectral.
HS-MSNombre de pics détectésSpectre pauvre ou trop bruitéTrop peu = mauvais signal; trop = bruit/contamination.
HS-MSMass accuracy / m/z driftProblème calibration masseFondamental en HRMS.
HS-MSRetention time drift si LC/GC-MSDérive chromatographiqueÀ suivre sur standards/QC pools.
HS-MSBlank contamination scoreContaminants / carry-overComparer échantillons vs blancs.
HS-MSInternal standard CVVariabilité instrumentaleTrès robuste si standards disponibles.
HS-MSMissingness par featureInstabilité de détectionCrucial pour filtrer les variables.
Avec répétitionsRMS intra-échantillonRépétabilité globaleApplicable à toutes les technologies.
Avec répétitionsSAM / corrélation intra-échantillonRépétabilité de formeTrès utile pour spectres.
Avec répétitionsCV intra-échantillon par bande / featureRépétabilité localeDétecte les zones instables.
Avec répétitionsICC ou variance componentsPart variance échantillon vs techniqueTrès utile si plusieurs répétitions par sample.
Avec répétitionsDistance au centroïde intra-IDRépétition aberrantePermet de flagger la mauvaise répétition plutôt que le sample entier.
Bug-hunting / supervised audits
Famille de bug potentielMéthodes à ajouterCe que ça détecteÉtat dans l’explorateur
Shift spectral globalCorrélation spectre moyen inter-dataset, DTW, cross-correlation, comparaison positions de picsDécalage en longueur d'onde, mauvais alignement, interpolation différentePartiellement calculé: cross-correlation lag et dispersion des positions de pics vs spectre moyen.
Baseline / offset / gainRégression chaque spectre vs spectre moyen: x = a + b ref + residual; suivi de a, b, RMS résiduelOffset additif, effet multiplicatif, dérive de baselineCalculé dans reference.affine_*.
Mélange de lignes / mauvais appariement X-M-YVérification index, hash des lignes, duplication ID, distance spectrale intra-ID, labels incohérentsLignes mélangées, metadata mal alignées, Y attribué au mauvais spectrePartiellement couvert par répétabilité intra-ID; checks index/hash à ajouter au pipeline canonical.
Fuite d'information / répétitions mal splitéesGroupKFold par sample_id vs StratifiedKFold random; audit des partitions par sample_idPerformance artificiellement bonne due aux répétitionsNécessite splits et benchmark modèle; non calculé par la carte descriptive.
Label bugsÉchantillons proches en X mais Y différents, confident learning, erreurs systématiques FP/FNY inversés, erreurs de saisie, classes ambiguësNécessite Y et/ou modèle; recommandé pour l'explorateur supervisé.
Sous-domaines cachésPCA/UMAP/t-SNE + clustering non supervisé + association avec dataset/Y/date/operatorLots, campagnes, sondes, backgrounds non renseignésPartiellement calculé par structure PCA/LOF; UMAP/t-SNE hors carte statique.
Artefacts localisés inconnusCarte wavelength x dataset: différence moyenne, différence variance, KS par longueur d'ondeRégions spectrales anormales non anticipéesÀ calculer au niveau banque quand plusieurs datasets partagent un axe spectral.
Ruptures instrumentalesDiscontinuités dans dérivées, changepoint detectionSplice, raccord détecteur, saut local non prévuCalculé par jump/spike rates; changepoint plus avancé à ajouter.
Mélange / contamination spectraleNMF / unmixing / reconstruction par convex hullComposante externe: fond, plastique, solNon calculé automatiquement; nécessite hypothèses de composants ou grande bibliothèque.
Features instables mais prédictivesImportance modèle vs instabilité QC par variableModèle qui apprend un artefact plutôt qu'un signal biologiqueNécessite modèle supervisé; recommandé pour rapports de benchmark.

Variables

Targets 4

mineral_name

target · categorical
n / missing13 / 0
Classes13
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBaO2 (1)

chemical_formula_sum

target · categorical
n / missing13 / 0
Classes13
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBa O2 (1)

compound_source

target · categorical
compound_source classescommercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99%: 22commercial Aldrich 99%commercial Aldrich 99%: 22commercial CRICERAM purcommercial CRICERAM pur: 11commercial powder Aldrich 78%commercial powder Aldrich 78%: 11Prolabo 99%Prolabo 99%: 11commercial Aldrich purcommercial Aldrich pur: 11commercial KMnO4 Alfa Aesar 9…commercial KMnO4 Alfa Aesar 99%: 11commercial Alfa Aesar 99%commercial Alfa Aesar 99%: 11commercial powder Alfa aesar …commercial powder Alfa aesar 99.997% 10739: 11commercial powder C STARCK BE…commercial powder C STARCK BERLIN: 11+1 more+1 more: 11
n / missing13 / 0
Classes11
Balance (entropy)0.98
Imbalance ratio2
Top classcommercial powder Alfa Aesar 99% (2)

rod_database_code

target · categorical
n / missing13 / 0
Classes13
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top class3500160 (1)

Metadata 6

chemical_name_mineral

metadata · categorical
n / missing13 / 1
Classes12
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBaO2 (1)

chemical_name_systematic

metadata · categorical
n / missing13 / 0
Classes13
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBa O2 (1)

chemical_formula_structural

metadata · categorical
n / missing13 / 0
Classes13
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classBa O2 (1)

chemical_compound_source

metadata · categorical
chemical_compound_source classescommercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99%: 22commercial Aldrich 99%commercial Aldrich 99%: 22commercial CRICERAM purcommercial CRICERAM pur: 11commercial powder Aldrich 78%commercial powder Aldrich 78%: 11Prolabo 99%Prolabo 99%: 11commercial Aldrich purcommercial Aldrich pur: 11commercial KMnO4 Alfa Aesar 9…commercial KMnO4 Alfa Aesar 99%: 11commercial Alfa Aesar 99%commercial Alfa Aesar 99%: 11commercial powder Alfa aesar …commercial powder Alfa aesar 99.997% 10739: 11commercial powder C STARCK BE…commercial powder C STARCK BERLIN: 11+1 more+1 more: 11
n / missing13 / 0
Classes11
Balance (entropy)0.98
Imbalance ratio2
Top classcommercial powder Alfa Aesar 99% (2)

publ_section_title

metadata · categorical
n / missing13 / 0
Classes13
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classRaman spectrum of commercial BaO2 (1)

journal_year

metadata · numeric
journal_year distribution0510152,018 – 2018: 122018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2018: 02018 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2019: 02019 – 2,019: 12,018.002,018.252,018.502,018.752,019.00
n / missing13 / 0
Mean ± SD2018 ± 0.277
Median2,018
Range2,018 – 2,019
CV0.000137
Skew / kurtosis3.6 / 13
Normal?no
Constant metadata 8
  • axis_digest70adf657ab5cfea1
  • axis_unitcm^-1
  • axis_min102.3
  • axis_max2000
  • n_points_original972
  • spectroscopy_typeRaman
  • axis_statusreal_common_axis_subset
  • interpolation_appliedfalse

7 variable(s) omitted (no recorded values).

Alignment

Alignment levelobservation
Sample id availableyes
Samples13
Observations (total)13
Reps per samplemin 1 · mean 1 · max 1

Provenance & citation

ContributorRaman Open Database
Origin · url [open]https://solsa.crystallography.net/rod/
Origin · script [manual]source_to_standard.py — standardization script (maintainer-only)

Governance & integrity

Tierpublic
LicenseCC0-1.0
Permitted useResearch and benchmarking.
Access policyOpen per source license.
RedistributionROD states that all data and the database are CC0/public domain. Users should acknowledge the original authors of the structural data.
Content version1.0.0
Schema / protocol2.0
Content hash15eb7fdd8ab30dbf…
Processing hash6299594cdc9bcc11…
Metadata hash98fd70d2a84d13eb…

Load this dataset

# pip install nirs4all-datasets
from nirs4all_datasets import get

ds = get("rod_raman_native_axis_972points_70adf657")            # DOI-pinned, checksum-verified, cached
X, y = ds.x(), ds.y()
print(X.shape, y.shape)
card.jsoncroissant.jsonIdentity metadata only — the dataset bytes live at the origin / DOI.