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Publicraw reproducible

ROD Raman native-axis 977-point mineral subset 4244c525

rod · Raman

ROD Raman native-axis 977-point mineral subset 4244c525. v2.0 standardized NIRS package: 1 spectral source(s), 4 declared target(s). Auto-generated from dataset_card.json (verify before publication).

nirv2rod
31
samples
977
wavelengths
1
sources
4
targets
21
metadata
Raman
family

Dataset property explorer

Mean profile risk0.63
Highest axisArtefacts locaux · 1.00
Diagnostics8
Sources profiled1
ROD Raman native-axis 977-point mineral subset 4244c525 property profile0.250.50.751integritynoiseartefactsbaselinePCA outliersreferencerepeatabilitystructureROD Raman native-axis 977-point mineral subset 4244c525 profileintegrity: 0.00noise: 0.04artefacts: 1.00baseline: 1.00PCA outliers: 1.00reference: 1.00repeatability: 0.00structure: 1.00ROD Raman nativ…0 center · 1 outer ring · outward = stronger anomaly / heterogeneity signal

Profile axes

Intégrité0.00
Artefacts locaux1.00
Bruit0.04
Outliers PCA1.00
Distance à la référence1.00
Répétabilité0.00
Baseline / forme1.00
Structure multi-régimes1.00
Diagnostic hypotheses00.250.50.751hypothesis scoreSplice / raccord détecteursSplice / raccord détecteurs: 0.930.93Erreur calibration / référenc…Erreur calibration / référence blanche: 0.880.88Fond différentFond différent: 0.830.83Signature VERA25-likeSignature VERA25-like: 0.780.78Erreur interpolation / réécha…Erreur interpolation / rééchantillonnage: 0.770.77Spectre hors domaine valideSpectre hors domaine valide: 0.740.74Dataset multi-régimesDataset multi-régimes: 0.720.72Différence de sonde / géométr…Différence de sonde / géométrie: 0.720.72
DiagnosticScoreForceSignauxInterprétation probable
Splice / raccord détecteursX0.93fortePCA Q 1.00, Spike rate 1.00, Jump rate 1.00Rupture aux jonctions de détecteurs, calibration locale ou sonde différente.
Erreur calibration / référence blancheX0.88fortePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Baseline/mean/area 1.00Décalage systématique entre campagnes, instruments ou référence blanche.
Fond différentX0.83fortePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Baseline/mean/area 1.00Effet systématique du support, blanc/noir, transflectance ou environnement de mesure.
Signature VERA25-likeX0.78fortePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Spike rate 1.00Combinaison possible changement de sonde + splice, amplifiée par géométrie, fond ou calibration.
Erreur interpolation / rééchantillonnageX0.77fortePCA Q 1.00, Spike rate 1.00, Jump rate 1.00Artefacts numériques ou traitement spectral incorrect.
Spectre hors domaine valideX0.74forteMahalanobis / T2 1.00, RMS/SAM référence 1.00, Structure PCA 1.00Variété, espèce, lot ou condition différente mais physiquement plausible.
Dataset multi-régimesX0.72forteStructure PCA 1.00, RMS/SAM référence 1.00, PCA Q 1.00Mélange de campagnes, opérateurs, lots, setups ou sous-populations spectrales.
Différence de sonde / géométrieX0.72moyennePCA Q 1.00, Mahalanobis / T2 1.00, Baseline/mean/area 1.00Modification de l'illumination, collecte, angle ou distance sonde-échantillon.

Spectral sources

ROD native Raman axis group

X · Raman · ROD source metadata, not consistently specified
ROD native Raman axis group spectra010,00020,00030,00040,00005001,0001,500q05-q95 envelopeq25-q75 envelopemedian spectrummedianq25–q75q05–q95wavelength / cm-1150.05cm-1 — median 851 (q25–q75 507.9–4,721)158.98cm-1 — median 1048 (q25–q75 478.1–4687)167.9cm-1 — median 1003 (q25–q75 523.5–4215)176.81cm-1 — median 741 (q25–q75 444.8–3204)185.71cm-1 — median 713.2 (q25–q75 470.3–2538)194.59cm-1 — median 741.2 (q25–q75 471.9–4631)203.47cm-1 — median 921.6 (q25–q75 441.4–2,843)212.34cm-1 — median 884 (q25–q75 519.4–1866)221.19cm-1 — median 746.4 (q25–q75 477.5–1,661)230.04cm-1 — median 692.2 (q25–q75 447.1–1679)238.87cm-1 — median 718.2 (q25–q75 485.7–1530)247.7cm-1 — median 843.6 (q25–q75 507–1544)256.51cm-1 — median 822.8 (q25–q75 518.7–1369)265.32cm-1 — median 898 (q25–q75 526.3–1603)274.11cm-1 — median 909.6 (q25–q75 521.6–2631)282.89cm-1 — median 916.2 (q25–q75 527.7–5634)291.66cm-1 — median 1013 (q25–q75 547.3–5597)300.42cm-1 — median 1,181 (q25–q75 589.4–4,697)309.17cm-1 — median 1,037 (q25–q75 625.7–5090)317.92cm-1 — median 1008 (q25–q75 597.7–3005)326.65cm-1 — median 941.2 (q25–q75 602.1–2491)335.37cm-1 — median 1070 (q25–q75 716–3218)344.08cm-1 — median 1039 (q25–q75 607.3–2631)352.77cm-1 — median 1011 (q25–q75 597.6–2666)362.7cm-1 — median 1238 (q25–q75 620.1–3017)371.38cm-1 — median 1201 (q25–q75 603.4–2,561)380.05cm-1 — median 1101 (q25–q75 605.7–2991)388.7cm-1 — median 1052 (q25–q75 534.7–2302)397.35cm-1 — median 1050 (q25–q75 535.5–2520)405.99cm-1 — median 1040 (q25–q75 557.4–4626)414.61cm-1 — median 1049 (q25–q75 622.5–2148)423.23cm-1 — median 1112 (q25–q75 617.5–1956)431.83cm-1 — median 1077 (q25–q75 624–2,811)440.43cm-1 — median 1147 (q25–q75 684.2–3026)449.01cm-1 — median 1216 (q25–q75 753.5–3456)457.59cm-1 — median 1527 (q25–q75 668–3934)466.15cm-1 — median 1766 (q25–q75 613–3302)474.71cm-1 — median 1185 (q25–q75 586.7–4,767)483.25cm-1 — median 1073 (q25–q75 570.3–5768)491.79cm-1 — median 1107 (q25–q75 555.8–4843)500.31cm-1 — median 1183 (q25–q75 532.6–3594)508.83cm-1 — median 960.2 (q25–q75 514.1–4530)517.33cm-1 — median 986.8 (q25–q75 519.6–5386)525.83cm-1 — median 901.2 (q25–q75 526.1–5770)534.31cm-1 — median 781.2 (q25–q75 504.5–4872)542.78cm-1 — median 737.4 (q25–q75 497.8–2998)551.25cm-1 — median 792.4 (q25–q75 498.1–2365)559.7cm-1 — median 753.6 (q25–q75 504.4–2132)568.15cm-1 — median 979.2 (q25–q75 504.8–2090)576.58cm-1 — median 794.8 (q25–q75 489.4–2237)585.01cm-1 — median 736.6 (q25–q75 507.6–2717)593.42cm-1 — median 732.5 (q25–q75 516–3316)601.83cm-1 — median 744 (q25–q75 507.1–3178)610.22cm-1 — median 756 (q25–q75 492.7–2929)618.61cm-1 — median 1113 (q25–q75 496.2–2980)626.98cm-1 — median 1003 (q25–q75 505.4–2903)635.35cm-1 — median 1021 (q25–q75 488.4–2685)643.7cm-1 — median 831.6 (q25–q75 488.7–2665)652.05cm-1 — median 1007 (q25–q75 483.7–2,731)660.39cm-1 — median 1105 (q25–q75 457.4–3034)668.71cm-1 — median 1003 (q25–q75 469–2676)677.03cm-1 — median 954.2 (q25–q75 459.5–2962)685.34cm-1 — median 749.4 (q25–q75 458.4–3975)693.64cm-1 — median 734.2 (q25–q75 452.5–4055)701.92cm-1 — median 690.2 (q25–q75 441.2–4026)710.2cm-1 — median 684.6 (q25–q75 442.1–3,954)718.47cm-1 — median 666.4 (q25–q75 434.6–3750)726.73cm-1 — median 651.8 (q25–q75 434–2564)734.98cm-1 — median 632.6 (q25–q75 427.9–1855)743.22cm-1 — median 639.4 (q25–q75 444.3–1452)752.62cm-1 — median 654 (q25–q75 446.6–1209)760.84cm-1 — median 580.6 (q25–q75 444.8–1196)769.05cm-1 — median 645.8 (q25–q75 435.7–1162)777.25cm-1 — median 631.4 (q25–q75 438–1162)785.44cm-1 — median 638.6 (q25–q75 437.5–1173)793.62cm-1 — median 713 (q25–q75 446.3–1283)801.79cm-1 — median 774.6 (q25–q75 443.3–1256)809.96cm-1 — median 883.2 (q25–q75 441.1–1210)818.11cm-1 — median 902.2 (q25–q75 461.7–1186)826.25cm-1 — median 825 (q25–q75 436–1205)834.39cm-1 — median 800.8 (q25–q75 432.2–1425)842.51cm-1 — median 780 (q25–q75 428.9–1312)850.63cm-1 — median 770.6 (q25–q75 413.6–1168)858.73cm-1 — median 643.6 (q25–q75 436.4–1056)866.83cm-1 — median 711.4 (q25–q75 411.6–1080)874.91cm-1 — median 627 (q25–q75 428.1–1187)882.99cm-1 — median 662.8 (q25–q75 433.2–1211)891.06cm-1 — median 627.4 (q25–q75 429.5–1085)899.12cm-1 — median 616 (q25–q75 412–1,116)907.17cm-1 — median 554.6 (q25–q75 415.3–1111)915.21cm-1 — median 539 (q25–q75 408.3–1058)923.24cm-1 — median 521.6 (q25–q75 419.9–1,009)931.26cm-1 — median 519.2 (q25–q75 388.6–1010)939.28cm-1 — median 544.2 (q25–q75 396.1–991.7)947.28cm-1 — median 539.6 (q25–q75 408.9–978)955.27cm-1 — median 546 (q25–q75 425–974)963.26cm-1 — median 567 (q25–q75 425.5–993.6)971.23cm-1 — median 562 (q25–q75 423.9–980.4)979.2cm-1 — median 560.8 (q25–q75 429.2–1029)987.16cm-1 — median 618.2 (q25–q75 446.2–1427)995.11cm-1 — median 629 (q25–q75 437.1–4251)1003cm-1 — median 676.2 (q25–q75 449.6–1360)1011cm-1 — median 574.2 (q25–q75 413.2–1288)1018.9cm-1 — median 587.2 (q25–q75 406–1121)1026.8cm-1 — median 590.2 (q25–q75 405.1–1098)1034.7cm-1 — median 570.4 (q25–q75 410.6–1095)1042.6cm-1 — median 564.4 (q25–q75 419.1–1191)1050.5cm-1 — median 564 (q25–q75 416.4–1032)1058.4cm-1 — median 597 (q25–q75 419.8–920.7)1066.2cm-1 — median 632 (q25–q75 441.5–951.6)1074.1cm-1 — median 590.8 (q25–q75 444.4–978.1)1081.9cm-1 — median 587 (q25–q75 442.5–998.7)1089.8cm-1 — median 592.4 (q25–q75 446.3–1065)1097.6cm-1 — median 592.4 (q25–q75 414.2–1149)1105.4cm-1 — median 576.2 (q25–q75 446.1–1047)1113.2cm-1 — median 548 (q25–q75 419.1–983.3)1122.2cm-1 — median 525 (q25–q75 420.5–923.3)1130cm-1 — median 518.8 (q25–q75 421.6–957)1137.7cm-1 — median 512.4 (q25–q75 396.5–943.9)1145.5cm-1 — median 520.8 (q25–q75 425.6–965.8)1153.3cm-1 — median 517.8 (q25–q75 423.3–1060)1161cm-1 — median 499.2 (q25–q75 406.9–976.1)1168.8cm-1 — median 504.8 (q25–q75 403.1–976.5)1176.5cm-1 — median 495 (q25–q75 397–946.6)1184.3cm-1 — median 491.2 (q25–q75 370.7–962.7)1192cm-1 — median 493.2 (q25–q75 378.4–966.7)1199.7cm-1 — median 496 (q25–q75 383.8–935.8)1207.4cm-1 — median 490.4 (q25–q75 386.1–914.2)1215.1cm-1 — median 476.6 (q25–q75 341.7–915.9)1222.8cm-1 — median 486.8 (q25–q75 369.7–918.5)1230.5cm-1 — median 485 (q25–q75 327–898.1)1238.2cm-1 — median 479.6 (q25–q75 301.7–886.2)1245.8cm-1 — median 485.8 (q25–q75 320.4–885.4)1253.5cm-1 — median 502 (q25–q75 347.7–901)1261.1cm-1 — median 490.8 (q25–q75 322.5–868.8)1268.7cm-1 — median 489.2 (q25–q75 342.8–862)1276.4cm-1 — median 477.8 (q25–q75 302.3–853.4)1284cm-1 — median 493.2 (q25–q75 311.9–841.9)1291.6cm-1 — median 488 (q25–q75 309.6–859)1299.2cm-1 — median 477.2 (q25–q75 305.1–813.6)

Sampling

Wavelengths977
Axis range150–1299 cm-1
Mean spacing1.18 cm-1
Gridirregular
Observations31

Signal & quality

Value range-1.28 – 6.44e+04
Mean range1.02e+03 – 6.3e+03
Mean level2495
Area2.913e+06
PTP5279
Noise RMS11.379
SNR2.2e+02
SNR dB5e+01 dB
Dynamic range5.28e+03
Smoothness246.8
Saturated0.0%
X-outliers10

Integrity & artefacts

NaN ratio0.00%
Inf count0
Zero ratio0.00%
Spike count628
Spike rate2.08%
Jump count1,873
Jump rate6.19%
Clip fraction0.01%

Shape & reference

Baseline slope-3018.9
Curvature RMS135.38
D1 RMS265.59
RMS to mean2578.3
RMS p9510395
SAM to mean0.77472
SAM p951.2127
Affine offset p958127.6
Affine gain p95 Δ3.198
Affine residual p956519.1
Xcorr lag p9550

Outliers & repeatability

PCA Q p95/median9
Hotelling T2 p95/median32
Mahalanobis H p95/median5.7
Repeat groups0

Dimensionality (PCA)

Effective rank4.8
PCs → 95% var8
PCs → 99% var13
Top-10 cum. var98.1%
Computed metric scores 29worst 1.00
FamilleMétrique calculéeValeurScoreNiveauInterprétation datasetCauses typiquesCalcul / scoring
Intégrité des donnéesNaN ratiointegrity.nan_ratio0%0.00faibleSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countintegrity.inf_count00.00faibleNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratiointegrity.zero_ratio0%0.00faibleNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceamplitude.mean_reflectance2495.51.00fortValeur atypique: Trop clair / fond visible ou Trop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveamplitude.area_under_curve2.913e+061.00fortValeur atypique: Différence d'éclairement ou NormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)amplitude.peak_to_peak5279.20.00faibleVariabilité forteSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceamplitude.variance2.5994e+070.00faibleNormal ou hétérogèneMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSnoise.noise_rms11.3790.04faibleStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRnoise.snr219.30.00faibleBon signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRnoise.bandwise_snr_min70.1740.00faibleZone fiableDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countartefacts.spike_count6281.00fortArtefactsCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateartefacts.spike_rate2.08%1.00fortSpectre suspectInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countartefacts.jump_count1,8731.00fortRaccord détecteurSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateartefacts.jump_rate6.19%1.00fortProblème spectralCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionartefacts.clip_fraction0.0066%0.01faibleNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopeshape.baseline_slope-3018.91.00fortDériveÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSshape.curvature_rms135.381.00fortForme inhabituelleFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSshape.d1_rms265.591.00fortSpectre structuréBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)outliers.pca_q_ratio8.95591.00fortSpectre atypiqueArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²outliers.hotelling_t2_ratio32.0451.00fortExtrême mais cohérentVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis Houtliers.mahalanobis_h_ratio5.66091.00fortOutlier globalDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumreference.rms_to_mean_spectrum_p95103951.00fortSpectre différentDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)reference.sam_to_mean_spectrum_p951.21271.00fortForme différenteFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDrepeatability.rms_intra_id—0.00faibleStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDrepeatability.sam_intra_id—0.00faibleStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDrepeatability.cv_intra_id—0.00faibleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densitystructure.pca_score_density4.4957e-051.00fortSous-populationsLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)structure.local_outlier_factor_p9514.6311.00fortSpectre isoléCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scorestructure.isolation_forest_score_p950.620461.00fortSpectre atypiqueDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
X PCA score plot-200,0000200,000400,000600,000-400,000-200,0000200,000PC1 -1.006e+04 · PC2 5033PC1 -6.617e+04 · PC2 -6006PC1 -4.491e+04 · PC2 -9505PC1 -5.794e+04 · PC2 1.67e+04PC1 -6.663e+04 · PC2 -3669PC1 1.307e+05 · PC2 1.441e+05PC1 -6.543e+04 · PC2 -2547PC1 -5.031e+04 · PC2 -4579PC1 -5.544e+04 · PC2 -1.228e+04PC1 -8.036e+04 · PC2 -275PC1 2.698e+05 · PC2 -3.087e+05PC1 -6.597e+04 · PC2 -1264PC1 -6.454e+04 · PC2 -75.02PC1 -6.669e+04 · PC2 230.9PC1 -7.718e+04 · PC2 -917PC1 -5.02e+04 · PC2 7322PC1 -6.199e+04 · PC2 -2631PC1 4.307e+05 · PC2 1.484e+05PC1 -6.61e+04 · PC2 -2034PC1 -6.019e+04 · PC2 -2869PC1 -5.25e+04 · PC2 -3577PC1 4.039e+04 · PC2 7.09e+04PC1 1.072e+05 · PC2 -7.23e+04PC1 -6.459e+04 · PC2 1708PC1 -5.088e+04 · PC2 -6268PC1 3.114e+04 · PC2 1.737e+04PC1 -3.065e+04 · PC2 3460PC1 1.418e+05 · PC2 4.835e+04PC1 -1.006e+04 · PC2 5033PC1 -6.801e+04 · PC2 -1702PC1 1.351e+05 · PC2 -2.742e+04PC1 (54.4%)PC2 (20.4%)31 scores
PCA explained variance0%25%50%75%100%PC1: 54.4% (cumulative 54.4%)1PC2: 20.4% (cumulative 74.8%)2PC3: 6.1% (cumulative 80.9%)3PC4: 4.8% (cumulative 85.8%)4PC5: 3.3% (cumulative 89.1%)5PC6: 2.4% (cumulative 91.5%)6PC7: 2.2% (cumulative 93.7%)7PC8: 1.8% (cumulative 95.6%)8PC9: 1.5% (cumulative 97.1%)9PC10: 1.0% (cumulative 98.1%)10cumulative explained variancePC variancecumulativeprincipal component · cumulative (dashed)

Metric interpretation reference

Metric catalog 29
FamilleMétriqueCe qu’elle détecteForte valeur =Faible valeur =Causes typiquesCalcul / score
Intégrité des donnéesNaN ratioDonnées manquantesSpectre corrompuSpectre completErreur acquisition/exportcount(isnan(X)) / X.sizealert = min(1, nan_ratio / 0.05)
Intégrité des donnéesInf countValeurs infiniesCorruptionNormalCalculs invalidescount(isinf(X))alert = min(1, inf_count / 1)
Intégrité des donnéesZero ratioColonnes ou cellules nullesSpectre tronquéNormalExport, saturationcount(X == 0) / count(finite X)alert = min(1, zero_ratio / 0.05)
Amplitude globaleMean reflectanceNiveau moyenTrop clair / fond visibleTrop sombreFond, géométriemean(X finite)alert reuses baseline/shape drift because absolute reflectance ranges are technology-dependent
Amplitude globaleArea under curveIntensité globaleDifférence d'éclairementNormalDistance sondetrapezoid(mean_spectrum, spectral_axis)alert reuses baseline/shape drift because area scale depends on axis and units
Amplitude globalePeak-to-peak (PTP)DynamiqueVariabilité forteSpectre platSaturationmax(mean_spectrum) - min(mean_spectrum)alert increases when dynamic range is abnormally flat
Amplitude globaleVarianceVariabilité spectraleNormal ou hétérogèneSpectre platMauvais contactvar(X finite)alert increases when variance/dynamic range is abnormally flat
BruitNoise RMSBruit haute fréquenceBruitéStableLampe, détecteurmedian MAD(second derivative) * 1.4826 / sqrt(6)alert = noise_rms / signal_scale, saturated at 5%
BruitSNRQualité signalBon signalMauvais signalAcquisitionmean(abs(X)) / noise_rmsalert decreases with SNR dB; >=40 dB is treated as low alert
BruitBandwise SNRBruit localiséZone fiableZone problématiqueDétecteurmin(abs(mean_spectrum) / local second-derivative noise)alert decreases with worst-band SNR dB; >=35 dB is treated as low alert
Artefacts locauxSpike countPics étroitsArtefactsSpectre propreCosmic rays, splicecount robust outliers in second derivativealert follows spike_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxSpike rateDensité de picsSpectre suspectNormalInterpolationspike_count / (n_samples * (n_features - 2))alert = min(1, spike_rate / 0.01)
Artefacts locauxJump countDiscontinuitésRaccord détecteurContinuSplicecount robust outliers in first derivativealert follows jump_rate, saturated at 1%
Artefacts locauxJump rateFréquence de sautsProblème spectralNormalCalibrationjump_count / (n_samples * (n_features - 1))alert = min(1, jump_rate / 0.01)
Artefacts locauxClip fractionSaturationClippingNormalDétecteur saturéfraction of finite cells equal to repeated min/max extremaalert = min(1, clip_fraction / 0.01)
Forme spectraleBaseline slopePente globaleDériveStableÉclairementlinear slope of mean_spectrum over normalized axisalert = abs(slope / signal_scale), saturated at 0.5
Forme spectraleCurvature RMSCourbureForme inhabituelleLisseFond, splicemedian RMS(second derivative per spectrum)alert = curvature_rms / signal_scale, saturated at 1%
Forme spectraleD1 RMSVariabilité localeSpectre structuréPlatBiologie ou artefactmedian RMS(first derivative per spectrum)alert = d1_rms / signal_scale, saturated at 5%
Outliers multivariésPCA Q (SPE)Non expliqué par PCASpectre atypiqueConformeArtefact, mélangep95(Q/SPE residual) / median(Q/SPE residual)alert = min(1, pca_q_ratio / 8)
Outliers multivariésHotelling T²Extrême dans PCAExtrême mais cohérentCentralVariabilité naturellep95(Hotelling T2) / median(Hotelling T2)alert = min(1, hotelling_t2_ratio / 8)
Outliers multivariésMahalanobis HDistance au nuageOutlier globalPopulation normaleDomaine différentp95(sqrt(T2)) / median(sqrt(T2))alert = min(1, mahalanobis_h_ratio / 4)
Comparaison à référenceRMS to mean spectrumDistance moyenneSpectre différentTypiqueDomain shiftp95 RMS distance to dataset mean spectrumalert = RMS_p95 / signal_scale, saturated at 25%
Comparaison à référenceSpectral Angle Mapper (SAM)Différence de formeForme différenteSimilaireFond, géométriep95 spectral angle to dataset mean spectrumalert = min(1, SAM_p95 / 0.35 rad)
RépétabilitéRMS intra-IDReproductibilitéMauvaise répétabilitéStablePositionnementmedian RMS distance to repeated-sample centroidalert = RMS_intra_ID / signal_scale, saturated at 10%
RépétabilitéSAM intra-IDVariation de formeInstableStableAcquisitionmedian SAM to repeated-sample centroidalert = min(1, SAM_intra_ID / 0.15 rad)
RépétabilitéCV intra-IDVariabilité interneMauvais contrôleStableOpérateurmedian within-ID band CValert = min(1, CV_intra_ID / 0.25)
Structure du datasetPCA score densityClustersSous-populationsHomogèneLots différents1 / median kNN distance in PCA score spacealert follows density_cv/profile structure complexity, not raw density alone
Structure du datasetLocal Outlier Factor (LOF)Anomalie localeSpectre isoléPopulation normaleCas raresp95 approximate LOF from PCA-score kNN distancesalert = min(1, max(0, LOF_p95 - 1) / 2)
Structure du datasetIsolation Forest scoreAnomalie globaleSpectre atypiqueNormalDiverses causesp95 IsolationForest anomaly score on PCA scoresalert follows structure complexity; raw score is implementation-dependent
Technology-specific extensions
TechnologieAdaptations / métriquesAnomalies cibléesCommentaire pratique
UV-Vis 300-1000 nmBaseline, pente globale, dérive aux bords 300-350 et 900-1000; métriques par zonesLumière parasite, mauvais blanc, saturation, faible signal aux extrémitésLes bords sont souvent instables; calculer aussi des scores edge/middle.
UV-Vis 300-1000 nmSaturation / clipping proche absorbance max ou réflectance maxSignal écrêtéTrès important si absorption forte.
UV-Vis 300-1000 nmRed-edge, position de maximum, ratios de bandes si végétalDécalage biologique ou artefact optiqueAide à distinguer changement réel et problème d'acquisition.
UV-Vis 300-1000 nmSmoothness / roughness indexBruit haute fréquenceSouvent plus informatif que le SNR seul.
MIR / ATR-FTIRATR contact quality index: intensité globale, aire totale, profondeur des bandes clésMauvais contact cristal-échantillonCrucial: beaucoup d'anomalies viennent du contact ATR.
MIR / ATR-FTIRCO2 / H2O atmospheric bandsMauvaise correction atmosphériquePics parasites fréquents.
MIR / ATR-FTIRBaseline curvature / rubber-band residualDiffusion, contact, dérive baselineTrès utile avant PCA.
MIR / ATR-FTIRPeak position shiftMauvais alignement spectral / calibrationImportant en FTIR car de petits shifts comptent.
MIR / ATR-FTIRBand area ratios sur bandes connuesSpectre chimiquement incohérentÀ adapter par matrice: polysaccharides, protéines, lipides, etc.
HS-MSTotal Ion Current (TIC), Base Peak Intensity (BPI)Injection faible, ionisation instableÉquivalent MS du niveau global spectral.
HS-MSNombre de pics détectésSpectre pauvre ou trop bruitéTrop peu = mauvais signal; trop = bruit/contamination.
HS-MSMass accuracy / m/z driftProblème calibration masseFondamental en HRMS.
HS-MSRetention time drift si LC/GC-MSDérive chromatographiqueÀ suivre sur standards/QC pools.
HS-MSBlank contamination scoreContaminants / carry-overComparer échantillons vs blancs.
HS-MSInternal standard CVVariabilité instrumentaleTrès robuste si standards disponibles.
HS-MSMissingness par featureInstabilité de détectionCrucial pour filtrer les variables.
Avec répétitionsRMS intra-échantillonRépétabilité globaleApplicable à toutes les technologies.
Avec répétitionsSAM / corrélation intra-échantillonRépétabilité de formeTrès utile pour spectres.
Avec répétitionsCV intra-échantillon par bande / featureRépétabilité localeDétecte les zones instables.
Avec répétitionsICC ou variance componentsPart variance échantillon vs techniqueTrès utile si plusieurs répétitions par sample.
Avec répétitionsDistance au centroïde intra-IDRépétition aberrantePermet de flagger la mauvaise répétition plutôt que le sample entier.
Bug-hunting / supervised audits
Famille de bug potentielMéthodes à ajouterCe que ça détecteÉtat dans l’explorateur
Shift spectral globalCorrélation spectre moyen inter-dataset, DTW, cross-correlation, comparaison positions de picsDécalage en longueur d'onde, mauvais alignement, interpolation différentePartiellement calculé: cross-correlation lag et dispersion des positions de pics vs spectre moyen.
Baseline / offset / gainRégression chaque spectre vs spectre moyen: x = a + b ref + residual; suivi de a, b, RMS résiduelOffset additif, effet multiplicatif, dérive de baselineCalculé dans reference.affine_*.
Mélange de lignes / mauvais appariement X-M-YVérification index, hash des lignes, duplication ID, distance spectrale intra-ID, labels incohérentsLignes mélangées, metadata mal alignées, Y attribué au mauvais spectrePartiellement couvert par répétabilité intra-ID; checks index/hash à ajouter au pipeline canonical.
Fuite d'information / répétitions mal splitéesGroupKFold par sample_id vs StratifiedKFold random; audit des partitions par sample_idPerformance artificiellement bonne due aux répétitionsNécessite splits et benchmark modèle; non calculé par la carte descriptive.
Label bugsÉchantillons proches en X mais Y différents, confident learning, erreurs systématiques FP/FNY inversés, erreurs de saisie, classes ambiguësNécessite Y et/ou modèle; recommandé pour l'explorateur supervisé.
Sous-domaines cachésPCA/UMAP/t-SNE + clustering non supervisé + association avec dataset/Y/date/operatorLots, campagnes, sondes, backgrounds non renseignésPartiellement calculé par structure PCA/LOF; UMAP/t-SNE hors carte statique.
Artefacts localisés inconnusCarte wavelength x dataset: différence moyenne, différence variance, KS par longueur d'ondeRégions spectrales anormales non anticipéesÀ calculer au niveau banque quand plusieurs datasets partagent un axe spectral.
Ruptures instrumentalesDiscontinuités dans dérivées, changepoint detectionSplice, raccord détecteur, saut local non prévuCalculé par jump/spike rates; changepoint plus avancé à ajouter.
Mélange / contamination spectraleNMF / unmixing / reconstruction par convex hullComposante externe: fond, plastique, solNon calculé automatiquement; nécessite hypothèses de composants ou grande bibliothèque.
Features instables mais prédictivesImportance modèle vs instabilité QC par variableModèle qui apprend un artefact plutôt qu'un signal biologiqueNécessite modèle supervisé; recommandé pour rapports de benchmark.

Variables

Targets 4

mineral_name

target · categorical
n / missing31 / 0
Classes31
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classCorundum (1)

chemical_formula_sum

target · categorical
chemical_formula_sum classesO2 TiO2 Ti: 22Al2 O3Al2 O3: 11Ba N2 O6Ba N2 O6: 11Ba O4 SBa O4 S: 11Bi2 O3Bi2 O3: 11B2 O3B2 O3: 11Ba O3 TiBa O3 Ti: 11Ca O2Ca O2: 11Cd I2Cd I2: 11Ce O2Ce O2: 11+10 more+10 more: 1010
n / missing31 / 0
Classes30
Balance (entropy)1
Imbalance ratio2
Top classO2 Ti (2)

compound_source

target · categorical
compound_source classescommercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99%: 55commercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99.9%: 22commercial Alfa Aesar 99.9%commercial Alfa Aesar 99.9%: 22commercial Alfa Aesar 99%commercial Alfa Aesar 99%: 22commercial powder Prolabo purcommercial powder Prolabo pur: 22commercial Prolabo purcommercial Prolabo pur: 11commercial Alfa Aesar 99.5%commercial Alfa Aesar 99.5%: 11Commercial powder Alfa Aesar …Commercial powder Alfa Aesar 99.98%: 11commercial CRICERAM purcommercial CRICERAM pur: 11commercial powder Aldrich 78%commercial powder Aldrich 78%: 11+10 more+10 more: 1010
n / missing31 / 0
Classes23
Balance (entropy)0.96
Imbalance ratio5
Top classcommercial powder Alfa Aesar 99% (5)

rod_database_code

target · categorical
n / missing31 / 0
Classes31
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top class3500216 (1)

Metadata 5

chemical_name_mineral

metadata · categorical
n / missing31 / 0
Classes31
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classCorundum (1)

chemical_name_systematic

metadata · categorical
n / missing31 / 1
Classes30
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classAluminium oxide (1)

chemical_formula_structural

metadata · categorical
chemical_formula_structural classesO2 TiO2 Ti: 22O3 Al2O3 Al2: 11Ba N2 O6Ba N2 O6: 11Ba SO4Ba SO4: 11Bi2 O3Bi2 O3: 11B2 O3B2 O3: 11Ba O3 TiBa O3 Ti: 11Ca O2Ca O2: 11Cd I2Cd I2: 11Ce O2Ce O2: 11+10 more+10 more: 1010
n / missing31 / 0
Classes30
Balance (entropy)1
Imbalance ratio2
Top classO2 Ti (2)

chemical_compound_source

metadata · categorical
chemical_compound_source classescommercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99%: 55commercial powder Alfa Aesar …commercial powder Alfa Aesar 99.9%: 22commercial Alfa Aesar 99.9%commercial Alfa Aesar 99.9%: 22commercial Alfa Aesar 99%commercial Alfa Aesar 99%: 22commercial powder Prolabo purcommercial powder Prolabo pur: 22commercial Prolabo purcommercial Prolabo pur: 11commercial Alfa Aesar 99.5%commercial Alfa Aesar 99.5%: 11Commercial powder Alfa Aesar …Commercial powder Alfa Aesar 99.98%: 11commercial CRICERAM purcommercial CRICERAM pur: 11commercial powder Aldrich 78%commercial powder Aldrich 78%: 11+10 more+10 more: 1010
n / missing31 / 0
Classes23
Balance (entropy)0.96
Imbalance ratio5
Top classcommercial powder Alfa Aesar 99% (5)

publ_section_title

metadata · categorical
n / missing31 / 0
Classes31
Balance (entropy)1
Imbalance ratio1
Top classRaman spectrum of commercial Al2O3 (1)
Constant metadata 9
  • axis_digest4244c5254fe8c103
  • axis_unitcm^-1
  • axis_min150
  • axis_max1299
  • n_points_original977
  • spectroscopy_typeRaman
  • axis_statusreal_common_axis_subset
  • interpolation_appliedfalse
  • journal_year2,018

7 variable(s) omitted (no recorded values).

Alignment

Alignment levelobservation
Sample id availableyes
Samples31
Observations (total)31
Reps per samplemin 1 · mean 1 · max 1

Provenance & citation

ContributorRaman Open Database
Origin · url [open]https://solsa.crystallography.net/rod/
Origin · script [manual]source_to_standard.py — standardization script (maintainer-only)

Governance & integrity

Tierpublic
LicenseCC0-1.0
Permitted useResearch and benchmarking.
Access policyOpen per source license.
RedistributionROD states that all data and the database are CC0/public domain. Users should acknowledge the original authors of the structural data.
Content version1.0.0
Schema / protocol2.0
Content hash75bb265d5395e15f…
Processing hash6748a359084c766f…
Metadata hash57641ccf83c7aee5…

Load this dataset

# pip install nirs4all-datasets
from nirs4all_datasets import get

ds = get("rod_raman_native_axis_977points_4244c525")            # DOI-pinned, checksum-verified, cached
X, y = ds.x(), ds.y()
print(X.shape, y.shape)
card.jsoncroissant.jsonIdentity metadata only — the dataset bytes live at the origin / DOI.